1759年，清朝的军队挺进帕米尔高原，创造了一个军事神话
一，大小和卓之乱和库车之战的失利
在明朝后期，统治南疆地区的为叶尔羌汗国（1514—1680年）。叶尔羌汗国是从东察合台汗国分裂而出，其国原本信仰佛教，后来改信伊斯兰教。明末清初，该国内部有两大派遣，分别是白山派和黑山派，两派各自拥立割据的叶尔羌贵族势力，不断搞内斗。
清初，黑山派取得了胜利，将白山派的领袖阿帕克和卓驱逐出境。1678年，噶尔丹趁叶尔羌内乱之际，出兵灭了叶尔羌汗国。随后准噶尔的军队驻扎在南疆各城，对当地的维吾尔族进行了残酷的剥削，平均每个人的年税是一两，而农民要将三成到一半的收入交给准噶尔。
不仅如此，准噶尔还将大量的维吾尔族人迁徙到伊犁，为准噶尔贵族提供劳役。许多贵族被囚禁在伊犁，成为了人质。1715年，策妄阿拉布坦再次出兵南疆，击溃黑山派和白山派。大和卓布拉呢敦和小和卓霍集占等宗教首领被关押在伊犁。
1755年，清军远征准噶尔，拿下伊犁。大小和卓见状，立即投降于清军。乾隆帝让大和卓和侍卫托伦泰带领军队到南疆招抚，小和卓则留在伊犁。于是，两人就带领卫拉特人1000名，清军400人进入乌什击败了黑山派，控制了南疆地区。这标志着南疆再次纳入到了中国版图，在历史上具有重要的意义。
1755年八月，阿睦尔撒纳发动叛乱，小和卓趁机领众人逃到了南疆和大和卓布拉呢敦会合。两人经过商议后，小和卓霍集占自立为巴图尔汗，建立了一个政教合一的政权，号召大家参与“圣战”。在大小和卓的煽动下，南疆各城纷纷响应，库车、拜城、阿克苏三城城主向清军报信，遭到了残害。
1756年秋，清军派遣副都统阿敏道带领清军3100人（其中卫拉特军3000人）到南疆招抚。清军到达库车城下，和小和卓谈判。阿敏道只带领100人进入城中，被小和卓囚禁，最终在第二年被杀害，这件事表面大小和卓开始公开反清。
库车
1757年，清朝已经平定阿睦尔撒纳之乱，哈萨克也宣布臣服于清朝，于是乾隆开始谋划平定南疆。1858年2月，主将是雅尔哈善带领8000清军正式出发。
五月初，清军开始围攻库车城。库车是南疆的一座坚城，由小和卓的亲信阿卜都克勒木驻守。然而清军携带的四门大炮因为年代久远而炸裂，于是只能架设云梯猛攻，围攻两日而不能下。接着，清军又设计诱敌出城，但是阿卜都克勒木始终闭门不出。
南疆主要城市分布
不久，小和卓带领3000军队来支援库车，清军则在城外截击，小和卓损失了2600人，只留下600人在库车和阿卜都克勒木一起坚守。此时，形势大好，但是雅尔哈善却高坐帐中，日夜喝酒下棋，竟然让小和卓竟然带着400人悄悄逃出了库车。
随后，雅尔哈善下令清军赶紧攻城，让清军昼夜开挖地道，地道将要挖成时，被叛军看破了。于是派军在地道口放火，导致几百清军死于地道之中。最终，清军围攻库车三个月，才得到了库车一座空城。不久，他在北京被乾隆处死。
三，黑水营之战：清军创造了战争神话
小和卓从库车突围后，带领3000人逃回了叶尔羌。随后，大和卓带领1万多人驻扎当噶勒齐驻守，小和卓驻扎叶尔羌城。而库车攻克后，阿克苏、乌什、和阗等城地相继投降，形势一片大好。
1758年，乾隆让兆惠担任主帅，兆惠带领4000军队向叶尔羌进军。小和卓推行坚壁清野，将周边所有的粮食移入城内。清军经过长途跋涉，需要休整。兆惠下令各部扼守关键位置，断叛军退路。主力部队驻扎“黑水营”。
兆惠
十月十三，兆惠带1000人进攻英峨奇盘山以夺取羊群。然而，清军渡河一半，桥突然断了。小和卓趁机带领5000骑兵、1万步兵来决战。兆惠镇定自若，指挥尚未渡河的600骑兵迎击叛军，经过一番鏖战，终于击退了叛军骑兵。但是自己又被团团包围，深陷绝境。
然而，名将就需要在这种绝境之中打出精彩的反击。他指挥渡河的400清军奋勇杀敌，歼敌1000人，但清军也损失百余人，几乎人人受伤，多位将领战死，兆惠小腿也受伤。这一天，纳木扎勒、三泰等率200骑兵前往支援，结果在遭到3000叛军围攻，全军覆没。
大和卓得知兆惠被围困，也带领5000军队赶来，试图一战而灭兆惠。黑水营的清军只有3000人，都疲惫不堪，忍饥挨饿，但黑水营却坚如磐石。叛军“水淹黑水营”，清军就开凿河道，将水引到到了下游，并开挖水井，处处得水，解决了饮水问题；叛军收集芦苇作为掩护来进攻，清军就放火大烧；叛军挖战壕，清军就登在高处射击；叛军修建高台，清军就立即修高台与之对射。
一直到十二月末，富德和舒赫德才带领8500元军会师巴楚，向叶尔羌挺进。小和卓带领5000大军迎战。清军长途跋涉，马匹累倒，于是全部成为了步兵。双方大战10多次，进入了戈壁滩。清军无水可饮，只能吞咽冰解渴。1759年正月初九，援军到达了沁达尔，距黑水营还有300里。但是援军已经疲惫不堪，几乎丧失了战斗力。
关键时刻，参赞大臣阿里衮带领一支600人，马2000匹，骆驼1000头的补给对来支援，清军士气大涨，立即对叛军营地发动力进攻。叛军惊慌失措，四处逃散。清军紧追不舍，歼敌千余人。
随后，兆惠和援军里应外合，猛攻叛军军营发动进攻，实现了会师，黑水营之战结束。
大小和卓围攻黑水营三个月而不破，导致士气更加低落，而南疆各城也被清军的战斗力震惊，纷纷投降于清朝，导致大小和卓不断陷入孤立。1759年四月，小和卓侵犯于阗，结果被清军击退，于阗六城城主携带大量的物资来迎接清军。
三，葱岭三战，清军扬威于帕米尔高原
六月，清军经过休整后，兵分两路大军继续平叛，其中富德率1.5万人从和阗攻叶尔羌，兆惠率1.5万人从阿克苏出发进攻喀什喀尔。大小和卓见大势已去，就烧掉所有的物资，逃亡了浩罕国。
为了追剿大小和卓，兆惠派遣参赞大臣明瑞率领2000人轻骑追击，在霍斯库鲁克岭闯进了叛军埋伏圈。叛军6000人排列在山头，对清军形成俯冲之势。当时明瑞军经过长途跋涉，已经疲惫不堪。但是明瑞非常坚决地让清军从下往上猛攻，以阵亡百人的代价，歼敌500多人，大小和卓又向巴达克山方向逃窜。
富德随后也带兵来汇合，经过精挑细选，组成了一支4000人的大军，继续进行了追剿。到七月初在阿尔楚尔，同样是进入了小和卓的埋伏圈。富德指挥清军分队猛攻，以枪炮猛攻叛军阵营，经过半天的鏖战，终于击退叛军。叛军逃跑，清军追杀40里，再次歼敌1000多人，阿布都克勒木也在此战战死。
随后，清军一日推进百里，在经过巴达克山时，富德见这里山高石险，道路狭窄，仅容单骑，就分兵500名驻守此地，自己带领1000多人继续追击。到达了叶什勒库勒淖尔时，叛军占据山脚。清军利用大炮攻击，但是效果不明显。于是派遣40名鸟枪手抢占了山顶，形成了居高临下的优势。富德又对叛军喊话，导致大量的叛军投降。最终，大小和卓只带领400人逃走，清军收降1.2万人。
帕米尔高原
大小和卓逃到了巴达克山，因为抢掠村庄，被当地的素勒坦沙汗擒杀。素勒坦沙汗不想将两人尸体交给清朝，乾隆皇帝宣称不交尸体就开战。素勒坦沙汗迫于压力，最终交回了尸体。至此，大小和卓之乱宣告平定。
叛乱平定后，论功行赏，不必多说。十一月，乾隆帝下令在叶尔羌城、伊西洱库尔淖尔湖畔立碑，勒石纪录平定回部之功，并撰写碑文，用满、汉、维吾尔三种文字镌刻。伊西洱库尔淖尔之碑在帕米尔高原屹立了百余年，直到1891年被沙俄盗窃，运往彼得堡。后来新疆巡抚魏光焘派员重立新碑。
平定叛乱后，乾隆下令废除南疆的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄，推行了有限度的“改土归流”。各城市驻扎清朝的八旗、绿营军队，由喀什噶尔参赞大臣管辖。1762年，乾隆设置伊犁将军府，管辖天山南北。
清朝废除了准噶尔的各种赋税，在南疆屯田、治水灌溉，颁行制钱，推动了新疆地区的经济发展。随后，丝绸之路打通，中国的茶叶、丝绸从南疆进入了俄国、波斯、印度，俄国的皮革、火器则从南疆进入了中国。明代以来中断的和阗玉石供应得以恢复。
平定大小和卓之乱震动了整个中亚和西亚，使得清朝的版图达到了全盛。不久，浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、阿富汗、博洛尔、坎巨提等国遣使入贡，宣布臣属于中国。自此，整个北方边疆平静了下来，清朝国力达到了顶峰，无疑是亚洲的霸主。