刘秀削弱相权、改革兵制，对豪强治理不彻底导致了东汉的衰落
政务改革导致皇权加强，相权削弱，最终产生外戚、宦官胁主专权
东汉初建时，针对西汉和新朝出现的统治阶级内部矛盾和社会问题做了深刻反思，为了这种历史情况不至于重新上演。光武帝极力促使中央集权进一步加强，便于后期统治。
东汉初年，光武帝重赏功臣，其中封侯者百余人，汉明帝刘庄追思他父亲光武帝刘秀的诸位功臣，就把二十八位有功将领的画像放在南宫云台，史称“云台二十八将”。光武帝虽然重赏了功臣封地，但是在职务上却剥夺了他们军权，只有少数人得以参与政事。这种做法避免了功臣掌握大权，对皇权产生威胁。
刘秀对中央政府的官职进行了调整，鉴于西汉前期号称三公的太尉、司徒、司空的权力过重，所以对三公的权力进行下放。虽然设立了三公的职位，但是把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台，相当于尚书台更有实权。
其中尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。皇帝亲自挑选亲信大臣进入尚书台，为皇权进行服务。这样一来，他们的地位也就相当于皇帝身边的秘书，朝廷的政务全部集中于尚书台。
刘秀
在宫中，刘秀还设立了中常侍、黄门侍郎等职务，负责直接传达皇帝的指令，这些职位通常由宦官担任，并且有权传递尚书台的诏令。
皇权的加强，相权的衰落，使得东汉三代后，即位皇帝年幼，群臣无权处理朝政，往往由外戚和宦官共摄尚书台，这也就造成了外戚宦官携主专权的局面。
光武帝对地方豪强治理不彻底，未能解决土地兼并现象
光武帝建国后，便对地方豪强采取了削弱的手段。东汉王朝延续了西汉的名田制度和户籍制度，但是对于豪强们效果不理想。
建武十五年（39年），光武帝下达了著名的“度田令”用来制止土地兼并的现象。度田的目的是为了掌握真实的垦田数目，除了增加税赋以外，更重要的是限制豪强兼并土地和奴役人口的数量。
“度田令”的推行不仅在朝堂之上遭到了强烈的反对，在地方上也难以施行。大司徒欧阳歙带头闹事，结果被刘秀处死。河南尹张伋和十余个地方郡守也都因为测量田地弄虚作假而被下狱杀死。为了对抗这一政策，各地豪强纷纷武装暴乱。“郡国大姓及兵长、群盗处处并起，攻劫在所，害杀长吏”。
光武度田
刘秀虽然派兵进行剿灭，把捕获的大姓兵长迁移到其他地区，割断他们与故乡的联系。虽然暂时平息了叛乱，但是豪强的势力实在太大，无法彻底进行根治。以致于刘秀即位三十年后，看到广大农民生活仍然很痛苦，忧心忡忡地说道：“即位三十年，百姓怨气满腹，吾谁欺，欺天乎！”
光武帝在任期间，始终没有解决地方豪强土地兼并的顽疾。此后，各地豪强的力量日益增强，利用自己的行政权力和专营手段，形成了强大的地方势力，并与中央政府进行逐利。广大农民创造的社会财富没有进入国库而是纳入了豪强的口袋当中，造成了贫富差距加大和社会不公。
中央集权政府无法对地方势力进行收权后，必然会导致地方分裂或者地方自治的情况产生。强大的地方势力必然会导致各种暴力或战争的威胁，影响东汉王朝的稳定。
东汉对兵制的改革，导致军事实力大幅下降
建武六年（30年），刘秀废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，把在郡县服兵役一年的制度也取消，地方防务改由招募而来的职业军队担任。“建武六年，始罢郡国都尉，并职太守，无都试之法，惟京师肄兵如故。明年，罢天下轻车、骑士、材官、楼船及军侯吏，尽还民伍，唯更践如故。”
东汉初年，刘秀对兵制的改革给社会的生产提供了劳动力，有利于经济的发展。但是也出现了各郡国罢兵，导致东汉王朝的国防实力严重下降，随着时间的不断推移，这种弊端越发显露无疑。“时兵革既息，天下少事，文书调役，务从简寡，至乃十存一焉。”
东汉疆域图
采取“募兵制”后的东汉王朝，遇到边境有事，只能依靠募兵来进行战斗。但是这些士兵是招募而来，缺乏军事训练，素质不高，战斗力很弱，所以往往对外征战失败。
同时士兵一旦加入军队，便终身从军，导致军中经常可以见到年老的士兵充斥其中，使得军队战斗力严重下降。
正因为刘秀建国后对兵制进行改革，导致东汉军事实力大幅下降。不仅国内平叛不利，而且面对少数民族，更是陷入了常年征战当中，耗费了无数钱粮，极大地消耗了东汉王朝的力量，从此一蹶不振。