首先便是没有合法继承人,东晋和南宋在创立的时候,都有合法的继位者,也就是他登上帝位合乎情理,能让众人信服拥戴,一致对外。反观南明,由于崇祯在北京攻陷之前没有做任何准备,自己和儿子要么丧命北京,要么离奇失踪,也就没能留下一个继位者。第一个在南京登基的是福王朱由崧,他是崇祯皇帝的兄弟,但是明朝各地藩王众多,他的继位难以服众,很多人都觊觎皇位。皇帝缺乏一定号召力,没有核心领导,自然内部也就不够团结。要知道南明仅仅存在十多年,就存在了至少四位皇帝,每一个皇帝继位都伴随着大规模的内斗。而且登上帝位的这些藩王能力都一般,缺乏真才实干,根本不能带领南明和大清抗衡。
第二个原因就是直接导致明朝覆灭的根本原因,也就是党争。即使明朝已经覆灭了,但党争没有停止,到了南明朝,大臣们接着争权夺利。包括继位者的争夺也是如此,一些人拥戴这个藩王做皇帝,立马就会有另外一批人拥戴另外一个藩王做皇帝,相互不退让,所以南明朝一直就是一个松散的集体,一盘散沙,内部不团结,对外也不会团结一切力量去抵御外敌。这些人想的只有自己手中的权力,不容任何人侵犯他们的利益,所谓的民族气节和家国情怀都被忘得一干二净。很多大臣贪生怕死,畏惧大清,根本不敢抵抗便直接投降,武将之间也是相互猜忌毫无信任。
第三就是对手太强大了,大清在皇太极在位时就有入主中原取代大明的野心了,他们不断积蓄力量,蚕食大明土地,笼络大量人才。大清还和蒙古联盟,并且降服了朝鲜,彻底解决后顾之忧。在入关占据北京之后,他们没有停下自己的脚步,迁都北京之后,大清开始着手一统天下。他们使用的谋略便是以汉制汉,不断招降和笼络有能力的汉人,让他们去对付南明,既解决了自己兵力不足的问题,也能更有针对性的进攻南明,吴三桂这些人对于大清平定天下确实起到了很大的作用。而当时南明自身也没多少军事实力,虽然也有不少兵力,但真正有作战力的部队并不多,根本没法和大清的骑兵以及吴三桂他们的铁骑相提并论了。
就这样,南明在内部松散,外部强敌的局面下,被各个击破,南明只存在了十多年便匆匆了结,随后大清平定天下,完全取代了大明。