袁崇焕为何一定要除掉毛文龙？“双岛斩帅”谁之悲哀？
崇祯元年七月，当时朝议“忧毛文龙难驭”，弾章累累，只不过毛“握重兵居海岛中，莫能制也”，袁崇焕此时在和钱龙锡谈平辽战略时就提到“入其军，斩其帅”。当年十二月，袁崇焕将原来从登莱运往皮岛的钱粮改为由山海关运至宁远觉华岛换州船运往皮岛，而且让登莱严申海禁，“一切市贩船只不许私通”，想通过垄断粮米，禁除东江商业，切断东江经济来源，迫使毛文龙就范。然而崇祯二年四月，毛文龙竟然“领兵船四十艘”赴登州索饷，时人说他“非王濬之平江南，戈船下濑；岂吕蒙之袭锦州，白衣摇橹！”一时间登州百姓以为后金来袭，城门日闭。袁崇焕拨付粮船，还为毛文龙请饷，稳住毛文龙。
崇祯二年（1629）六月，袁崇焕致书毛文龙，邀请他前往双岛阅兵。毛文龙未加提防，泛舟来会。袁崇焕和毛文龙一面宴饮，一面商谈。席间，袁崇焕建议毛文龙更改营制，设置监官，毛文龙听后面色恼怒，很不高兴。袁崇焕又建议他卸甲归乡，毛文龙却回答说：“我一向都有归乡之意。但目前只有我通晓辽东事务。等辽东的问题办妥，朝鲜也已经衰弱，可以随后占领朝鲜。”袁崇焕见劝不动毛文龙，只好与部下连夜商议处死毛文龙的计划。
六月五日，袁崇焕又邀请毛文龙观看将士射箭。他先在山上设置了一座军帐，令参将谢尚政等带领甲士埋伏在帐后。待毛文龙至，随身部卒都被袁崇焕派人拦在营外。袁崇焕向毛文龙躬身拜道：“我早上就走，阁下担当海外的重任，请受我一拜。”毛文龙回拜后，两人开始登山。袁崇焕又询问毛文龙随从官员的名字，大多是毛姓人。毛文龙解释说：“这些都是我的亲眷。”袁崇焕笑道：“你们在海外辛劳，月粮也只有一斛。说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”众人也都躬身回拜。
来到军帐，袁崇焕脸色一变，开始诘问毛文龙的违法行径。毛文龙和他抗辩，袁崇焕一面厉声斥责，说出了那句名言：“你道本部院是个书生，本部院却是朝廷的一个首将”，一面命人除去了毛文龙的衣冠。毛文龙仍然不服，袁崇焕当众历数了他“不设监官”“欺君罔上”“杀良冒功”“言语违逆”“侵吞军饷”“私通外番”等十二条罪状，随后以尚方宝剑斩杀了毛文龙。消息传到京师，崇祯极为震惊。可是毛文龙已死，辽东还要仰赖袁崇焕，崇祯也就没有追究，反而下旨褒奖了袁崇焕。对于崇祯来说，毛文龙的确该诛，但生杀大权应该操之于朝廷，而不是由袁崇焕操刀，所以“擅杀大帅”此时就在崇祯心中留下了芥蒂。
袁崇焕杀死毛文龙后，担心毛文龙的部下哗变，就把东江的饷银增加了十八万两。然而，岛上的军民失去了主帅，形势还是在朝危险的方向发展。袁崇焕上疏称：“东江镇是牵制后金所必须的依托，现在确定其两协的编制，马军十个营，步军五个营，每年需要饷银四十二万两，米十三万六千石。”崇祯对兵额减少军饷提高一事感到疑惑。但因为是袁崇焕提出的，就答应了他的要求。
关于袁崇焕擅杀毛文龙的真实动机，目前一些流行的说法多数都有漏洞。比如“以谋款而斩帅”，就存在逻辑上的硬伤。因为袁崇焕杀死毛文龙后并未西移东江镇，更没有将之取消，反而提高了东江的粮饷。如果毛文龙之死不能解除皇太极的后顾之忧，那么以此为谈判条件显然没有好处。换言之，袁崇焕杀毛的计划，很可能仅针对毛文龙个人。不过在袁崇焕五年复辽的战略构想中，东江兵扮演着重要的角色：“关宁之十二万为主，东江之两万余为奇”，一主一辅、奇正用兵，“毛文龙可用，但未有能用文龙之人”，所以当毛文龙拒不受节制，袁崇焕为了统一事权，杀毛之心也就越坚定。
《满文老档》收录的一封“无名”信件或许可以为“双岛斩帅”提供一种全新的解释思路。该信的作者称：“毛总兵官（毛文龙）在彼欲降之心，半真半假，对遣来之刘保等人仍以善言惑之，作速遣回，事将自然完结等语……以我观之，汗（皇太极）心犹豫而狐疑：又谓毛总兵官放恣，初无定心，后被牵累，事不易结等语。遂以毛总兵官蓄意叛逆即密告袁都司（袁崇焕）杀之。我以告叛有功，升为副将职我虽在此地兼职，而归回彼地之心常存也，此非诳诈。”
作为后金方面的孤证，《满文老档》这封信件的可信度尚需商榷。但如果该信的内容为真，则袁崇焕如此急迫地杀死毛文龙，很可能是出于对东江镇投降后金的担忧所致。