秦朝废帝号称王是寄希望于京师部队，愿恢复战国状态
秦帝国的军队组织，大体可以分为中央军和地方军两部分。
地方军是属于各地的守备部队，由各地征集，按各县各郡配置，由各郡县守尉指挥，数量不多，一般在当地驻守。中央军是秦军的主力，包括驻守关中保卫京师咸阳的卫戍部队和驻守边关要塞的野战部队。中央军也由各郡县征发，装备精良，训练有素，秦征服六国，北击匈奴，南侵百越，主要都是由中央军担当。
秦末之乱爆发时，秦帝国军队的配置，除各地的地方军外中央所属的主力军大概有四支。一支是征服岭南地区后留驻的南部军，一支是屯驻长城沿线的北部军，一支是新组建的中部军再有一支是驻守关中的京师军。这四支秦军，在秦末之乱中命运各不相同。
南部军
南部军是秦帝国征服和镇守岭南地区的军队，人数大约有十万人。南部军的第一任统帅是屠雎，第二任统帅是任嚣，第三任统帅是赵佗。
秦帝国出兵逾越五岭，征服岭南地区，在秦始皇三十年（前217年）左右。出征岭南，秦帝国究竟出动了多少军队，《史记》没有明确的记载。西汉时期编撰的《淮南子·人间训》提到，秦将屠雎领军五十万进攻岭南。《淮南子》是诸子杂说汇编，夸夸其谈的事情多，严谨的史事少。五十万大军南征的说法，大概也是游说之士的夸张。
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秦征南越形势图
当时，岭南地区还处在部落君长时代，没有完整的国家机构和组织严密的军队。面对这样的对手，秦帝国全面动员，以五十万大军征岭南的说法，很难令人相信。新近的研究认为，秦帝国南征军的数量，可能在八到十万之间，比较合于情理。据史书的记载，随同秦军的南进深入，秦政府曾经数次向岭南地区移民，将五十万人数理解为秦南征军、后勤运送和前后移民的总人数，或许更合适一些。
秦末之乱爆发后，帝国东南的旧楚国地区反叛最为剧烈，秦与岭南的交通联系完全断绝。驻防岭南的南部军采取了安土保民的政策，封锁了五岭边界，断绝与北部地区的交通，完全没有介入秦末之乱的战争中。
大约在秦二世三年（前207年）末，南部军统帅赵佗宣布独立，建立了南越国。支撑南越独立建国的基本军事力量，就是南部军。
北部军
北部军是秦帝国负责北方边境地区防务的军队，沿长城驻守，主要是为了防御北方地区的游牧民族，特别是匈奴骑马军团的南侵。北部军的第一任统帅是蒙恬，第二任统帅是王离，总部设在上郡肤施县（今陕西榆林一带）。北部军数量最高时号称有三十万人。
关于北部军，史书的记载比较明确。秦始皇三十二年（前215年），秦始皇派遣大将蒙恬统领三十万大军北伐匈奴，夺取了匈奴在河套地区的肥美牧地，设置九原郡，移民屯田，修筑长城要塞，建立了帝国北部边境最大的军事基地，常年驻重兵。
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蒙恬
北部军不仅直接面对匈奴的数十万骑马兵团，也是关中地区的北部屏障，重要性非同一般，军队的统帅蒙恬为内史，即兼任首都地区的行政长官，监军是扶苏。秦始皇三十七年（前210年），秦始皇崩于出巡途中，李斯、赵高、胡亥伪造诏书送抵肤施，扶苏和蒙恬先后自杀，北部军改由副将王离统领，王离的副将是苏角和涉间。
秦末之乱爆发，北部军奉命内调参与平叛，在王离的统领下，北部军主力渡过黄河，进入雁门太原地区，负责平定赵国和燕国地区的叛乱。北部军控制了雁门太原地区后，封锁井陉口策反赵国大将李良，颠覆了武臣的赵国政权，进入华北平原，攻击在齐国支援下重建的赵歇赵国。这一段时期，北部军的主要交战对手是齐赵联军，主要战场是河北地区，数量有十余万人。
二世二年（前208年）九月，北部军一部秘密南渡黄河，与退守濮阳的章邯军会合，一举击溃围城的楚军，杀死了楚军大将项梁，取得了平叛战争中的重大胜利。
濮阳大胜后，北部军乘胜攻战，将齐赵联军和赵王君臣围困在巨鹿，章邯也统领中部军主力渡河北上支援，拉开了巨鹿之战的序幕。不久，项羽统领楚军主力渡河北上，切断王离军和章邯军的连接，破釜沉舟渡过漳河，在巨鹿城下大败秦军，大将王离被俘，副将苏角战死，另一位副将涉间烧身自杀，北部军全军覆没。
中部军
中部军是秦政府在秦末之乱中新组建的军团，数量在二十余万左右，主帅是章邯，知名的重要将领有司马欣和董翳。
二世元年（前209年）八月，陈胜部将周文攻人关中，秦都咸阳告急。京师军在戏水击败楚军稳住阵脚后，秦政府任命少府章邯为大将征集关中地区的兵员，释放骊山刑徒，紧急组建中部军。不久，中部军击溃周文军，出关乘胜东进，逐一消灭陈胜军主力，攻克张楚首都陈县。
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项梁
平定了张楚以后，中部军进入魏国地区，攻克魏国首都临济，平定了魏国地区的叛乱。进而再接再厉，击败增援魏国的齐军和楚军，杀死齐王田儋。几经胜败反复之后，与北部军联手在濮阳作战，击溃项氏楚军主力，杀死了项梁。
消灭了黄河南岸各地的叛乱军主力后，中部军主力渡过黄河，攻占了赵国首都邯郸。然后，一面沿黄河设防，一面修筑甬道为围困巨鹿的王离军运粮，准备围点打援，在巨鹿一带聚歼六国援军。巨鹿大战，北部军全军覆没，章邯统领中部军退守河内安阳。
二世三年（前207年）七月，内外交困的章邯统领二十万中部军投降项羽。次年十一月，投降的秦军在即将进人关中的时候，军心不稳，遭到项羽所统领的联军突然袭击，被坑杀于新安。至此，中部军全军覆没口。
秦帝国的建立，靠的是秦军多年连续不断的征战胜利。与此相应，秦帝国的灭亡，也因为秦军主力逐一从战场上消失。南部军独立，北部军被歼灭，中部军投降以后，秦帝国灭亡的命运已经决定，二世三年（前207年）八月，秦宣布放弃皇帝称号，恢复秦王的名号。
秦的这项决定有两重意义，一是宣布秦帝国解体，二是希望秦国与六国并存。这个时候的秦国政府，最大的希望就是维持旧秦王国的存在，而支撑这个希望的物质力量，，一是旧秦国的本土——关中地区——还在秦政府的手中，二是最后一支秦军主力部队——驻守首都地区的京师军——还完好无损。
京师军
秦帝国的京师地区，行政上称为内史。秦的内史地区，大致东以函谷关为界，西到散关，北到萧关，南到武关，三面环山，一面临河，是易守难攻的形胜之地。渭河横贯内史地区的中央，形成八百里秦川的关中平原，土地肥沃，物产丰富，人口密集，是当时天下最富饶的地区。内史地区的北部是上郡和北地郡，西部是陇西郡，南部是汉中郡、巴郡和蜀郡，都属于秦国的本土地区。
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秦末农民起义示意图
秦末陈胜、吴广起义以来，关东大乱，各郡县纷纷反叛，六国全部复国，秦军陷入苦战。与此相对照，旧秦国的本土地区一直非常稳定，没有出现任何反叛和动乱。
帝国秦军的一支精锐的主力部队——京师军——始终驻守在内史地区，维系着首都的安全。
大体而言，秦帝国的京师军，也就是配置在京师地区、负责保卫首都和皇帝的军事力量，主要有三支，它们分别是郎中令军、卫尉军和中尉军。
郎中令军是皇帝的侍从武官团，由郎中令统领，主要由郎官组成，数量多的时候将近千人。郎中令是皇帝的侍从总管，九卿大臣之一。郎官们既是皇帝的侍从近卫，也是官员的预备队，个个出身良好，经过严格的挑选。郎官们比照军事组织编制，由诸位郎将统领，在宫内负责皇帝的警卫和侍从。
卫尉军是皇宫宿卫军，由卫尉统领。卫尉也是九卿之一，统率卫尉军负责首都咸阳内外各个宫城的进出以及宫城内的保卫。卫尉军的战士称为卫士，由帝国内郡征召，数量在两万人左右。
中尉军是首都地区的卫戍部队，由中尉统领。中尉也是九卿之一，他的工作主要包括两部分，一是管理京师地区各县的地方军，负责首都各县的治安秩序，一是统领驻京卫戍部队，负责京师地区的守备、各个官署的保卫等等。由中尉所统领的这支驻京卫戍部队，被称为中尉军，战士主要由首都地区征召，数量在五万人左右，是一支精锐的野战部队。
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章邯
秦末之乱中，京师军一直留在关中负责首都地区和皇帝的保卫。二世二年（前208年）九月，陈胜部将周文领军攻入关中，抵达咸阳东郊的戏水地区时，屯驻在这个地区的中尉军成功击退了敌军，保卫了首都咸阳，为章邯组建中部军赢得了宝贵的时间。
戏水阻击战，是秦末之乱中秦京师军参加的第一场战事。戏水阻击战后，中尉军协助新组建的中部军将周文军赶出关中，中部军出关乘胜追击，中尉军则留在关中，继续承担着保卫首都地区的重任，始终没有离开首都地区，也没有卷入关东地区的战事。
二世三年（前207年）八月，刘邦军攻破武关，进人关中地区。九月，秦王子婴刺杀丞相赵高，掌握了政权，派遣军队在峣关（今陕西蓝田）附近阻击刘邦军，被刘邦军击败。这支前往晓关的秦军，应当是中尉军。
峣关阻击战失败，刘邦军兵临咸阳城下。汉元年（前207年）十月，秦王子婴为了保全首都不被屠戮，统领百官开城投降。刘邦和平地接管了秦国政府和秦国本土，秦京师军各部也被接管，成为刘邦军的一部分。
十二月，项羽统领四十万联军进人关中，鸿门宴中刘邦屈服，将所接管的秦国政权全部交出，秦京师军也交由项羽处置。二月，项羽分封天下，旧秦国的关中地区被分为雍国、塞国和翟国三个王国，史称三秦，秦京师军被编入三秦的军队。
八月，韩信统领汉军由汉中反攻关中成功，塞国和翟国投降，雍国不久被消灭，编入三秦军的部分旧秦京师军将士，再一次回到刘邦军中，成为汉军的一部分。刘邦攻占了三秦以后，确定了从法统、领土、人力、制度等各个方面全面继承秦国的秦本位政策，定都栎阳，以旧秦国为根基，东进与项羽争夺天下。
从此以后，随着战争的持续、征兵制的执行，旧秦军将士、旧秦国本土出身的秦人，源源不断地加入到汉军当中，成为汉军的主要兵源，汉军的人员结构也因此发生了重大而意义深远的变化。