锦衣卫、东厂和西厂都直属于皇帝,主要负责侦察缉拿,除皇帝外不听任何人指挥,可以想象权势极大。明武宗时期,皇帝又设置了一个新的特务机构,叫做内行厂,把持在大太监刘瑾的手里。内行厂侦查范围不仅包括百姓,甚至还包括东西二厂和锦衣卫的成员。可以说,除了皇帝之外,其他所有人的行为都在内行厂的监控和掌握范围之内,这也是明朝最大的、权力最高的特务机构。
而且,内行厂的手段比起锦衣卫和东西厂更加残暴酷烈。一旦抓到人犯,无论罪行轻重,都一律判决全责之后发配戍边。也有的判处枷号示众,无论是严冬酷暑,人犯都需要带着重达一百五十斤的枷锁在室外终日站立,往往坚持不了几天便送了命。几年之内,内行厂便残害了许多忠良,其中不乏有在酷刑之下屈打成招者。而无辜受到牵连的军民和官吏数量更是达到几千人之多。
内行厂成立之后,朝廷内外一片怨声载道,谈之色变。百姓只要听说内行厂的名字,便纷纷躲避,而锦衣卫吓得直发抖,高官吓到跪下也是不足为奇。公元1510年,刘瑾因谋反被处死,内行厂也被撤销。但是这个恐怖机构依然在大臣和百姓心中留下了深深的阴影,堪称明朝最邪门的组织。