朱由检之子朱慈炤在清朝因给子孙命名而被发现，年过古稀仍被处死
虽然杨起隆反清举事在康熙帝的“关闭九门、合围缉拿”严旨下旋起旋灭、两天内就被清军击败并绞杀了，但这微不足道的起义却因杨起隆抬出了被人们淡忘许久的崇祯帝皇太子朱慈烺旗号、以增强自身的号召力，从而在三十年后，再一次使得崇祯帝的皇子被展现于世人面前，向天下宣示他们的存在感。
杨起隆举事失败后，康熙帝大张旗鼓地发布谕旨追捕逃出京师、以“朱三太子”自居的杨起隆。七年后，康熙十八年（1678年），抚远大将军图海于陕西凤翔擒获逃亡中的杨起隆，将其解往京师处死。（也有说法是这个被杀者其实只是杨起隆的部下，真正的杨起隆自从当年逃出京师后就销声匿迹，不知所终了）但“朱三太子”的名号却没有消失，一直在民间流传，各种反清势力在举事时大都采用这个名号以凝聚人心。直至乾隆时期，因时间相隔太久，即使真正的“朱三太子”尚在人世，也超过了百岁高龄，这才使得“朱三太子”的这个称呼渐渐消失于民间。
一个冒名的杨起隆都让清朝如临大敌、搜捕多年，那么人们不禁要问：假如是真正的崇祯帝后裔尚在人世，又会是一个怎么样的情况，他们在明亡后的遭遇又是如何呢？
朱由检
大明天启六年（1626年），在熹宗皇帝和张皇后的亲自主持之下，皇弟、信王朱由检和原籍南直隶苏州府、现落籍北直隶顺天府大兴县（今北京大兴）的生员周奎之女举行大婚典礼、正式成亲，周氏成为信王正妃。另外，熹宗和张皇后还挑选了袁氏、田氏两个良家女子为信王次妃，一并赐婚，当年，信王朱由检十六岁。因为熹宗三个儿子先后夭折，此时没有子嗣（以后也不会有了），而他的亲兄弟中只有信王尚在世，所以为了国本稳固，信王大婚后没有立即前往藩地，而是继续留在京师，被当作大明潜在的皇储。
天启七年（1627年）八月，熹宗在西苑游玩时不慎落水染病，导致症入肺腑，身体浮肿，之后病情迅速恶化。八月十二，已经卧床不起、自知命不久矣的熹宗召唯一的弟弟朱由检入宫，于乾清宫病榻前拉着他的手嘱咐：“吾弟当为尧舜。”朱由检大哭叩首，奏对时言辞不能成句。
十天后，天启七年（1627年）八月二十二，明熹宗朱由校驾崩，信王朱由检奉遗诏，于八月二十四入继大统、登基称帝，以明年为崇祯元年，这就是大明第十六代皇帝——明思宗崇祯帝。继位时的崇祯帝才十七岁，而他所接过的大明社稷，已经是一个风雨飘摇、千疮百孔的烂摊子。
崇祯一朝，文官集团逐渐坐大，合谋私利，导致大明政局逐渐恶化，中枢政令紊乱不堪。崇祯帝少年继位，自一开始就面临着内忧外患的局面，再加上他本人执政偏激拗执、刚愎严苛、对于文武诸臣也极度不信任，性格又猜忌多疑，致使大明朝政废弛、法令败坏，国家积重难返。再加上崇祯帝执政举措失当、进退失据，造成底层农民生活困苦、民不聊生，只能铤而走险聚众造反，天下因此烽烟四起、农民起义层出不穷。同时，辽东后金也多次毁边墙入寇，崇祯帝经常处于左支右绌、焦头烂额的境地，不断地采取措施以图挽救时局，又不断地因为举措失当而接连受挫，朝政愈发糜烂不堪，大明社稷也在崇祯帝的反复折腾中逐渐走向灭顶之灾。而在这些内外因素的夹攻之下，大明王朝在十七年后终于彻底倾覆。
孝节烈皇后
崇祯帝登基后自奉甚简，对于后宫女色并不沉醉，除了依制将信王妃周氏升为皇后、信王次妃袁氏、田氏升为贵妃之外，只晋封了寥寥数人为后宫嫔妃，在明朝历代皇帝的后宫妃子数量中，崇祯帝基本是最少的那一个了。
崇祯二年（1629年）二月初四，皇宫中传来喜讯：皇后周氏为崇祯帝诞育了嫡长子！时年十八岁的崇祯帝大喜过望，依照太祖皇帝当年所定下的皇室字派，为嫡长子赐名为“慈烺”，然后喜不自禁地下诏，向天下宣布自己获得嫡子的喜悦心情：“朕为帝王应天历而奉宗祧，首重元储。尤隆世嫡，朕以渺躬，嗣位丕基，祗念我皇祖皇考，集庆发祥，源深绪远。伫昌嗣续，仰慰治谋。兹荷上帝居歆，宗祊垂佑。二月初四日第一子生，系皇后周氏出，中闱开冢嫡之先，万国惬元良之祝。”
崇祯三年（1630年）春，崇祯帝在南熏殿举行隆重仪式，授予刚满一岁的皇长子朱慈烺金册金宝，并遣官祭告天地、宗庙、社稷，正式册立其为皇太子。朱慈烺是大明第二个由在位中宫皇后诞育的皇太子（仁宗、宣宗、英宗都是皇后所生的嫡子（英宗存在疑问），都曾受封为皇太子。但仁宗生母徐皇后诞育仁宗时尚为燕王妃、宣宗生母张皇后诞育宣宗时是燕世子妃、英宗生母孙皇后诞育英宗时为宣宗贵妃，还没当皇后。真正意义上第一个由中宫皇后所出的大明皇太子，是明武宗朱厚照，其生母张皇后诞育他时是孝宗中宫皇后）。
在皇长子出生后，崇祯帝又接二连三地诞育了诸多皇子和皇女，分别为：皇次子朱慈烜，生于崇祯二年十二月（1630年1月），生母周皇后。皇三子朱慈炯，生于崇祯五年（1632年）三月，生母周皇后。（崇祯帝前三子全部是嫡子，都是周皇后所生，这也可以看出崇祯帝和周皇后夫妻之间感情有多么深厚。）皇四子朱慈炤，生于崇祯五年（1632年）八月，生母田贵妃。皇五子朱慈焕，生于崇祯九年（1636年），生母田贵妃。皇六子朱慈灿，生于崇祯十年（1637年），生母田贵妃。皇七子（无名），生于崇祯十一年（1638年），生母田贵妃。
田秀英
崇祯帝的皇子全部是周皇后和田贵妃所出，这也可以看出他后宫嫔妃确实不多，而且他也确实不喜好女色。
虽然崇祯帝有七位皇子，不过其中夭折过半，分别是：皇次子朱慈烜，于崇祯三年（1630年）夭折，时年一岁（实际才半岁），追封怀隐王；皇五子朱慈焕，于崇祯十三年（1640年）夭折，时年五岁，追封悼灵王；皇六子朱慈灿，于崇祯十二年（1639年）夭折，时年三岁，追封悼怀王；皇七子，于崇祯十三年（1640年）夭折，时年三岁，追封悼良王；至崇祯十四年（1641年），崇祯帝尚存的皇子只剩下三人，除了早在崇祯三年（1630年）就被册立为皇太子的长子朱慈烺之外，只有皇三子朱慈炯、皇四子朱慈炤两人在世。
此后，朱慈炯于崇祯十四年（1641年）九月被册封为定王，朱慈炤于崇祯十五年（1642年）三月被册封为永王。
除了皇子之外，崇祯帝还有六位皇女，不过皇长女坤仪公主早早就夭折了，生卒年不详，只知道生母是周皇后。也许，她是崇祯帝的第一个孩子，甚至有可能是崇祯帝还是信王的时候所生。
袁贵妃
另外五位公主中，三位也早夭，生卒年和名字不详，生母也不详。而存活下来的两位公主中，皇女长平公主生于崇祯二年（1629年），《明史》中说她的生母为周皇后。但是根据崇祯帝皇长子和皇次子出生的时间来看对不上，除非他是皇长子的孪生姐妹（但是这个又没有佐证），所以长平公主很有可能是其他妃子所生；皇女昭仁公主生于崇祯十二年（1639年），生母不详，不过据史书记载，连同她在内，四位生母不详的公主中，至少有一位必定是袁贵妃所生。
根据以上资料显示，在崇祯十七年（1644年）之时，崇祯帝尚在世的子女有皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤、皇女长平公主、皇女昭仁公主，一共五位。
崇祯十七年（1644年）正月，农民起义军首领李自成在西安建国称帝，国号“大顺”、年号“永昌”。李自成称帝后发布“伐明诏”，亲率大军东进，向京师攻来。三月十八，大顺军攻破了京师外城，次日，困坐皇宫中的崇祯帝在绝望之中召来三个皇子，吩咐他们换掉华贵的皇族衣冠，改穿百姓服装，然后安排亲信太监把他们送到外戚周家、田家去躲藏（皇太子、定王外家是周奎，永王外家是田弘遇）。
送走皇子们后，崇祯帝亲自执剑，命周皇后、袁贵妃自尽（田贵妃已去世），并规劝皇嫂懿安皇后张氏自尽。而皇女长平公主、昭仁公主则被崇祯帝亲手砍杀，以免落入敌手（长平公主未死、昭仁公主不幸丧命，此后长平公主被人救活，先后由大顺和清朝奉养在京师）。
在亲手将皇室家眷们或送走、或令自尽、或忍痛砍杀后，万念俱灰的崇祯帝在三月十九自缢于煤山，大明王朝中枢由此覆灭。
李自成
皇太子朱慈烺和定王朱慈炯、永王朱慈炤兄弟刚刚逃出宫，尚未到达各自的母家，就被人软禁挟持，并献给了刚刚入城的大顺皇帝李自成。而李自成还算厚道，并没有伤害他们，还封朱慈烺为“宋王”，朱慈炯为“定安公”，朱慈炤为“永平公”，各自安置住所、妥善照顾。朱慈烺得知父母均已去世的噩耗后，向李自成提出“不可惊我祖宗陵寝、以礼葬我父皇母后、不可杀戮我百姓”等请求，李自成欣然照办。
崇祯十七年（1644年）四月，李自成率大军北上，和拒不归顺的大明宁远总兵吴三桂会战于山海关，朱慈烺兄弟也被带在军中一同前往。吴三桂事先已经暗中引清兵入关，导致大顺军在一片石被清军偷袭，大败而回，最终在清军的压力下撤离京师返回西安。
在大顺军兵败、一片混乱的情况下，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤三兄弟却奇迹般地摆脱了大顺军的监视，从乱军之中幸运逃脱。但三兄弟因此也失散，此后彼此再也没有见过面。
朱慈烺脱险之后历尽千辛万苦逃回了京师，但此时京师已经被清军占据。为了避祸，朱慈烺隐居在同情前朝的好心人家长达半年。崇祯十七年（1644年）十二月，京师局势逐渐安定下来，朱慈烺以为自己安全了，于是找到尚居于京师的外祖父周奎家，想继续在周家避难。但周奎不念亲情，反手将其献给了摄政王多尔衮。多尔衮得知前明皇太子出现后极为头疼，他既不想留着朱慈烺、导致明朝旧臣奉其为主，从而导致清朝统治不稳；又不能公开将其处死，使得清军“为明朝报君父之仇”的说法贻笑大方、不攻自破。
爱新觉罗·多尔衮
思考多日后，多尔衮想出了一箭双雕之计：他先是指使人出面举证，说皇太子是假冒的，然后让皇太子的外祖父周奎、宫中侍奉过皇太子的太监、随驾护卫过皇太子锦衣卫前来指证，凡是说皇太子是真的人都被下狱处死，这就再也没有人敢说皇太子是真的了。于是，多尔衮据此指定朱慈烺是假冒皇者，将其以“假冒皇太子图谋不轨”的罪名处死。顺治二年（1645年）四月，皇太子朱慈烺遇害于京师，时年只有十七岁。
大顺军兵败一片石、仓皇撤退之后，被挟持随军的皇三子朱慈炯在乱军中和兄长、弟弟分开，从此他就再也没有出现在世人眼前，任何消息都没有，史书中只留下“十七年、京师陷，不知所踪”这样语焉不详的记载。
但朱慈炯本人虽不知所终，他“朱三太子”的名号却在机缘巧合之下被后来的各种复明势力一再作为旗帜公开打出，顺治八年（1651年）、康熙十二年（1673年）、康熙十九年（1680年）、康熙四十八年（1708年）、康熙六十年（1721年)）、雍正七年（1729年），甚至到乾隆初年，都有各地复明义军以此名号举旗行事，以对抗清朝，其中以京师人杨起隆用“朱三太子”旗号举事最为人所知。
康熙十二年（1673年），吴三桂在云南发动反清行动，也是用“朱三太子”的名号，号称自己当年受周、田二家皇亲托孤，将躲藏在京师的“朱三太子”、定王朱慈炯偷偷养育在军中，为大明保存了这皇家的血脉，以图将来恢复大明社稷。这也是吴三桂利用“朱三太子”的名号，来凝聚天下心怀大明的军民之心。
从乾隆中期以后，“朱三太子”的名号逐渐不再为义军们所用了，因为按照年龄计算，“朱三太子”即使在世，此时也是超过百岁的老者，再奉他的名号起事，号召力也不够，所以此后“朱三太子”这个称呼才逐渐消失，不再成为后来举事者的旗帜。
在崇祯帝自尽、大明中枢覆灭的时候，皇女长平公主大难不死，幸存了下来。因为是女子，对后续王朝的威胁性不大，所以不管是大顺还是清朝，出于安抚人心的考虑，对这个前朝皇女都还算优待，特别加以安置。
爱新觉罗·福临
清军占据京师后，长平公主曾经上书顺治帝，要求出家为父母守孝，顺治帝不允许（其实是多尔衮的意思），并下诏让和长平公主有婚约的周世显将其迎娶回府，以安抚其心。不过长平公主遭遇大难后心情悲痛、情绪低落，因此抑郁成疾，于顺治三年（1646年）二月薨逝于京师，年仅十八岁。不过即使这样，他也是崇祯帝五个子女中唯一得以善终的，相对来说已经算是好命了。
而崇祯帝在世的幼子、皇四子永王朱慈炤，在父母自尽、社稷倾覆的时候还是个十二岁的孩子，懵懂无知。但和两个命运多舛的哥哥所不同的是，他在一片石乱军中和哥哥们失散后幸运地躲过了被清军擒获杀害、或者直接丧命于乱世结局，居然能够从乱军中幸存并趁乱逃走，还被一个姓毛、心地善良的大顺将领收留。之后两人一路逃到河南，并在这里种了一年的地，相依为命。
顺治二年（1645年），清军南下，占据了河南等地，毛姓将领不能继续存身，只得和朱慈炤分别，逃往他乡。临别前，他嘱咐朱慈炤不要再留在河南，赶紧逃往南方躲避。
于是，朱慈炤也离开了河南，孤身一人流浪四方。在逃亡到明皇室祖地凤阳的时候，他被一位姓王的致仕给事中认出了身份，王给事中念及圣恩，就偷偷把朱慈炤收留在家中，并给他改名为“王士元”（也即：原是王），当作自己的亲戚对待（不敢当儿子），从此朱慈炤得以稍微安定下来。
王给事中在顺治七年（1650年）去世，已经改名王士元的朱慈炤为了避免连累到好心的王家人，于是主动离开凤阳，再次流浪。几年以后，朱慈炤来到浙江余姚，并在此落发为僧，以避搜捕。而在机缘巧合之下，一位当年曾经在京师当过官的胡乡绅到庙里进香，认出了朱慈炤。心怀故主的胡乡绅激动万分，立即向朱慈炤表明了自己愿意保护照顾他的心意，并把他带回家，还把女儿嫁给了他。从比，朱慈炤就以王士元的名字在余姚定居下来，并以在私塾教书为业。这样的安稳日子，朱慈炤过了五十年。
朱由检
在之后的岁月中，改名王士元的朱慈炤平静地生活着，他和胡乡绅的女儿成婚后又纳了一妾，并有了六个儿子、三个女儿，还有了一个孙子，也算子孙满堂。但他对自己的身世守口如瓶，从没有向任何人吐露过实情，除了岳父和妻子之外，没有人知道他就是当年的崇祯帝第四子、永王朱慈炤。在岳父胡乡绅去世后，更是只有妻子胡氏知道这个秘密。
但朱慈炤终究是大明皇子，隐居民间几十年也没能摆脱心中那高人一等的皇族意识和皇家思想。他儿子们的名字，都是按照大明皇族行辈取名，中间一字为“和”，后一字一律带“土”旁，孙子的名字也是中间一字为“怡”，后一字带“金”旁。儿孙们怪异的命名，和他平日里掩饰不住的气质，终于泄露了他的身份，因此许多反清义士接踵而来、到余姚或明或暗地寻找他，想要拥戴他为主，作为举兵的旗帜。
朱慈炤少年遭逢大难，又流浪隐居了几十年，根本没有恢复大明社稷的雄壮志心，而义士们要拥戴他为主的举动使他又害怕又羞愧。为了不使双方难堪，他选择了逃避，先后从余姚迁到宁波镇海、又从镇海迁到湖州长兴。
康熙四十六年（1707年），在浙江四明山区坚持抗清活动的张念一部被清军击败，首领一念和尚被俘，而他当年曾经到过余姚，并和朱慈炤见过面，之后朱慈炤的行踪他也知道。在严刑拷问之下，一念和尚透露了崇祯帝第四子尚在，并化名王士元，隐居在湖州长兴。
爱新觉罗·玄烨
得知前明皇子依旧在世、而且隐居在浙江的消息后，清廷着实大吃一惊，原本以为是个虚构人物、最起码也是死了几十年的朱慈炤居然还活着，这使得清朝上下包括康熙帝在内都惊愕不已。康熙帝立即下令江南地方官员马上缉查，将朱慈炤捉拿到案。
得到诏令的长兴官吏不敢怠慢，马上派人搜捕朱慈炤。大难临头的情况下，化名王士元的朱慈炤才向全家人公开了自己的真实身份，并要妻妾儿孙们赶快分头躲避。
这个时候，朱慈炤的儿子中已经有一人去世，还有五子一孙在世。为了不拖累他们逃难，朱慈炤的一妻一妾、儿媳、三个女儿等女眷都自缢而亡。朱慈炤自己带着两个儿子逃到山东汶上县，改名张用观，以给别人当塾师为生，其余儿孙们则分头四散逃亡。
康熙四十七年（1708年），在清朝官吏的搜捕下，朱慈炤父子还是被官府寻迹而至，最终在汶上被捕。在这之前，他的三子一孙也都先后被官府抓获，并关在杭州狱中，他的孙子已经瘐死于狱。朱慈炤五十多年的逃亡，最后还是没有能够躲过追捕，他被抓这一年，已经七十七岁。
朱慈炤被抓后，在审讯中痛快承认了自己就是前朝皇子、崇祯帝的第四子永王。但拒不承认谋反。
主审官员得到朱慈炤的口供后，把问案卷宗汇总后上报给朝廷，请康熙帝做最后的定夺。
爱新觉罗·玄烨
但康熙帝丝毫没有心软，得到浙江的奏报后直接下诏：“尔父子虽无谋反事，但其人不可有。”同时，康熙帝还使用了当年多尔衮的那一招，故意混淆视听、说朱慈炤是假冒者，并把他和五弟朱慈焕调换排行，授意三法司会同审讯并论断：“查浙江王士元者，供称系前明庄烈帝第五子，而庄烈帝第五子朱慈焕已亡故于崇祯十四年。又遵旨令前明年老太监多人辨认，皆言不识。王士元确系假冒，依律应凌迟处死。”
因为清朝君臣的有意为之，混淆了朱慈炤和朱慈焕的排行，所以才导致后世史料中有分不清朱慈炤、朱慈焕兄弟二人的生平和排行的情况，这也是后世研究学者们困惑和不解多时的地方。
七十七岁的朱慈炤，终究没有逃脱兄长们的宿命，和他的五个儿子一起都被清朝以“假冒前明皇子”的罪名于康熙四十七年（1708年）处死于杭州。这一年，大明王朝已经消亡了六十四年，即使以最后一位南明皇帝永历帝朱由榔被害之时算起，大明皇统断绝也超过了四十六年。在他和他的儿子们死后，崇祯帝的子孙们在明亡后存活于世间的历史彻底终结，再也没有任何留存，而大明帝系的大宗后裔传承至此也全部断绝。