后因太平天国高层领导内讧,遭内部猜忌被迫分兵出走,后转战广西、湖南、云南等省,并于1863年5月进入四川境地的紫打地(今石棉县安顺场),打算在四川自立一国。但由于河水陡涨等原因,石达开部被清军部队及民团、彝兵等围困于此,苦战月余而不得突围,最后全军覆没。
石达开被俘,于1863年6月25日在成都科甲巷被凌迟处死,时年三十三岁。
史载,石达开受刑时,被割一千多刀,从始至终默然无声。清兵把石达开和宰辅曾仕和、中丞黄再忠等绑赴刑常石、曾二人分别被面对面缚在两个十字木椿上。
执行凌迟时,刽子手先对曾仕和割第一刀,曾仕和受疼不过,惨叫狂呼,石达开斥责他说:“为什么不能忍受此须臾时间?”曾仕和这才紧咬牙关,不再叫喊。石达开的凛然正气和坚强意志使清军官兵感到震惊,四川布政使刘蓉说他“枭桀坚强之气溢于颜面,而词句不亢不卑,不作摇尾乞怜语。……临刑之际,神色怡然,实丑类之最悍者。”
读了这一段文字,对石达开的敬佩敬重之情无以言表!直到他死去近40年后,由清朝地主文人所撰的著作《江表忠略》之中还有这样的记叙:“至今江淮间犹称……石达开威仪器量为不可及。”