狄仁杰懂得自保故可在武周时期得以善终
但即便狄仁杰得到了武则天的信任，他在官场上也不是一帆风顺的，相反，有一次，狄仁杰还差点被折磨致死。
武则天在登基前后的十四年里，实行的是酷吏政治，那个时候流行告密，不管是真的还是假的，到了酷吏手里都能脱层皮，甚至就被折磨死了。因为得到了武则天的默许，这些酷吏可以说是毫无人心，他们最开始主要针对的是反对武则天的李唐宗室或者官员，渐渐的就变了味，只要得罪了酷吏，就会上黑名单，进而入狱被他们变着花样折腾，而且很可能会株连家族，所以当时的大臣们在上朝之前和家人告别的时候气氛都很沉重，谁也说不准这是不是最后一次相见。
很不幸的，狄仁杰也被来俊臣给盯上了。长寿元年（692年）的正月，做了还不到半年宰相的狄仁杰就被来俊臣告发反叛，和狄仁杰一起被抓的还有任令晖、李游道、袁智宏、崔神基、卢献。当时的律法规定，如果一经审问就承认的话，很可能会减免死罪，而且家族也不一定会被牵连，这正是来俊臣的高明之处。
来俊臣审问狄仁杰的时候，狄仁杰当场认罪，说：“大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮。反是实。”来俊臣得到口供后，就把狄仁杰等人收监，等待来日宣判，而且不再那么防备他们了。另一个酷吏王德寿还趁机找到狄仁杰，想让狄仁杰诬陷杨执柔谋反来作为王德寿升迁的筹码，只是狄仁杰用头撞柱子鲜血淋漓来拒绝了王德寿，王德寿吓得不再为难狄仁杰。
之后狄仁杰从狱吏那里借来笔墨，把被子上的布撕下来一块，然后把自己的冤屈写下来，藏在了棉衣里。“仁杰求守者得笔砚，拆被头帛书冤，置绵衣中，谓德寿曰：‘时方热，请付家人去其绵。’德寿不之察。”然后狄仁杰的儿子就得到了狄仁杰的书信，去见武则天。“则天览之愕然，召问俊臣曰：‘卿言仁杰等承反，今子弟讼冤，何故也？’俊臣曰：‘此等何能自伏其罪！臣寝处甚安，亦不去其巾带。’则天令通事舍人周綝视之。俊臣遽令狱卒令假仁杰等巾带，行立于西，命綝视之。綝惧俊臣，莫敢西顾，但视东唯诺而已。俊臣令綝少留，附进状，乃令判官妄为仁杰等作谢死表，代署而进之。”
狄仁杰
来俊臣又伪造了一份狄仁杰的谢死表呈给武则天。但武则天最后还是决定亲自审问狄仁杰，武则天就问狄仁杰：“承反何也？”狄仁杰说：“向若不承反，已死于鞭笞矣。”并表示“臣无此表。”武则天这才决定释放狄仁杰六人，但也只是免了死罪，贬官是必须的，狄仁杰就被贬为彭泽县令。一直到五年后，狄仁杰才再次拜相，也真正成为武则天身边不可或缺的肱骨之臣。
狄仁杰用他的智慧化解了一场灾难，而同样拥护大唐、受到武则天信任的宰相李昭德的结局就没那么好了。在神功元年（697年），也就是狄仁杰再次拜相的这一年，李昭德被来俊臣陷害入狱，六月被处死，当然，来俊臣在这一年也被杀了，酷吏政治正式结束。之后的武周王朝政治要清明很多，真正达到了君子满朝。
而狄仁杰更是武则天最信任和敬重的宰相，年近七十的狄仁杰受到了来自武则天的绝无仅有的宠信。久视元年（700年），狄仁杰去世的时候，武则天相当悲痛。“则天为之举哀，废朝三日，赠文昌右相，谥曰文惠。”
狄仁杰能够得到善终，与其说是武则天善待他，不如说狄仁杰懂得自保，并且愿意自保，不做无谓的牺牲。