说到元世祖忽必烈与藏传佛教萨迦派高僧八思巴的特殊关系,就不能不谈到元朝时所建立的一种独特的僧官制度。早在窝阔台汗(蒙古大汗,谥元太宗)在位时期,蒙古孛儿只斤氏皇室就已对藏传佛教各教派有所了解。淳祐七年(1247年),宗王阔端写信盛邀萨迦派高僧萨班·贡噶坚赞至凉州相见,萨班活佛的侄儿八思巴随伯父一同前往。会谈结束不久,西藏(吐蕃)地方僧俗势力在萨班活佛的号召下宣布归顺蒙古宗室,萨迦派因而独受蒙元统治阶层的青睐、倚重。
宝祐元年(1253年),当时还是宗王的忽必烈钦慕萨迦高僧八思巴盛名,将他召置麾下,两人朝夕相处,耳濡目染下,忽必烈从大师受佛戒。元中统元年(1260年)忽必烈挫败弟弟阿里不哥的汗位之争,即蒙古大汗位。同年,设总制院(亦称宣政院),负责管理全国及西藏地区(吐蕃)的佛教事务,并封自幼生长于蒙古汗廷的萨迦派高僧八思巴为国师,命他领总制院事。
至元六年(1269年),八思巴在藏文的基础上创立了蒙古新字(八思巴文),忽必烈下令将其颁行全国。次年,晋升八思巴号为“帝师大宝法王” ,赐玉印。从此帝师一职的设置伴随元朝兴衰而始终未改。
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帝师一职,位高权重,地位尊崇。《元史》记载:自八思巴之后嗣帝师者,照例领总制院事(后改宣政院),相当于一品官衔,赐玉印。忽必烈以后元朝历代帝王即位之初,皆从帝师受佛戒。即位后,要专门对帝师“降诏褒护”。平日百官上朝,皇帝的御座旁为帝师设有专座。帝师的号令被称为法旨,通行于天下(蒙元全境)所有佛寺。帝师生前备受尊敬,死后尽享哀荣。至元十七年(1280年)首任帝师八思巴转世(去世),忽必烈大恸,加封为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德者沈真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。忽必烈还为帝师八思巴在大都(今北京)修建真身舍利塔。
自忽必烈始,帝师在元朝历代统治者的心目中,地位几乎可以与佛祖释迦牟尼相提并论。
八思巴很早就奉诏到和林辅佐忽必烈。两人惺惺相惜,互相扶持,感情自是非同一般。 八思巴既受元世祖忽必烈的尊崇,被其尊为帝(国)师,主要是蒙元统治者开始笃信佛教,还有利用萨迦派高僧八思巴在藏地的巨大影响力夯实蒙古人对该地区的统治基础方面的考虑。当然,身为帝师,八思巴也对元朝皇帝负有一定责任与义务,故他虽贵为国师,但实质上仍是元王朝中央政府的一名高级官员。作为宣政院(最早叫总制院)最高负责人,帝师八思巴负责向皇帝举荐该院“居第二者”的宣政院使及以下各级官员。在西藏(吐蕃)地区设3个宣慰使司都元帅府中的高层官员,如宣慰都使元帅、元帅、万户、千户等,必须经帝师八思巴或宣政院提名,最后由忽必烈任命。
元朝以萨迦本钦统领卫藏地区13万户,忽必烈在位期间,对本钦的任免也必须根据帝师八思巴的推荐与提名。此外,国师八思巴作为忽必烈在佛教方面的老师,还要负责向忽必烈传授佛法、受戒、以及为他举行灌顶仪式,还要为后妃、 皇子、公主、诸王等宗室成员受戒。帝师八思巴还统领天下所有僧尼,管理全国佛教事务,要遵照忽必烈的旨意支持佛事、弘扬佛法、 为在位皇帝祈福消灾、视寿延年,为已故诸汗资祈冥福,祈祷国泰民安、风调雨顺、五谷丰登、海晏河清。因为国师承担如此重任,故地位崇高,不可或缺。但凡遇到帝师因故要暂离大都,皇帝即委任另一人担任此职。虽为暂代,但也有候补之意。史载, 至元十三年(1276年),八思巴奉旨返回卫藏地区,忽必烈即委任其弟仁钦坚赞接任帝师。至元二十三年(1286年)后任帝师达玛巴拉奉旨返藏主持西藏政务,忽必烈又任命八思巴的弟子意希仁钦接替他出任帝师。帝师对于元王朝的重要性,由此不难想见。