郑成功不满父亲郑芝龙叛明投清，创立水上义师，联合农民军抗清
一六六三年，农民领袖王铁佛在建宁依山结寨，进攻邵武，农民领袖余角，结寨茶畲山，也大举进攻清军，一直到三藩事件发生，农民军仍在那里进行着英勇的抗清斗争。广东方面自李成栋失败以后，广州再度失陷，懦弱的明朝官军退出广东，英勇抗敌的任务，只有当地人民群众担负起来。
农民领袖王兴，因为精明强干，人们给他起了一个绰号叫作“绣花针”。在一六四六年就在恩平县率部起义，他支援了“广东三忠”的起兵，据有阳江、恩平、阳春、开平四个州县，拿依山临海、有险可守的恩平的文安村作为中心据点，结寨固守。
茫茫的海水，崎岖的山路，把文安村隐蔽在中间，农民军可以出击清军，而敌人不容易进攻，有这样良好的根据地，四周的抗清武装也都受他节制。与王兴同时起兵的还有南海陈奇策，率部据守下川，往来于虎门之间；高州邓耀据守孤悬海外的龙门岛；王兴的部将萧国龙，据守在永丰寨；这几部分抗清武装联合起来，共推王兴作为领袖，与福建方面郑成功的义师，互相策应，进攻清军。
同时明末爱国志士都集中到文安，规划恢复的运动。明永历朝东西往来的使臣和军事上秘密的函件，都由王兴传递。文安村成为东西来往交通上的跳板，到一六五五年，王兴引导着李定国军，东破高州和廉州，由新会围攻广州，明朝的军威为之大振。但由于永历政权内部发生纠纷，迫使李定国率师西返，未能与郑成功会师恢复两粤，王兴只有退守文安，仍与清军抗战，相持达十余年之久。
到一六五八年，汉奸尚可喜派重兵围攻文安，费了十三个月的工夫，损失数万士兵和无数的代价，直至王兴兵尽粮绝，才把文安攻下，在八月中秋那天，王兴穿着明朝的衣冠全家殉难，文安既破，陈奇策、萧国龙等也相继为清军所败，先后战死。仅有邓耀剪发为僧，他们自始至终，绝不与清朝妥协。
这四位英勇的将军，虽然失败了。但继之以广东蜑户周玉，自号恢粤将军，率领数百个缯船，起兵海上。他们善于水战，冲浪如飞，联合郑成功的军队，攻打广东的沿海，到一六六三年，才为清军所败。可是恢粤将军的部将黄明初，谭琳高仍据守东涌海岛。到一六七一年左右，还在那里出没海上，继续抗清。
在广东，不仅抗清武装分布在大部分的地区，而且还到处发生人民自发的反清斗争，例如乳源县梅花岭山岳的地方，有邓张两位老人，领导当地的老百姓不剃发，穿着明代的衣冠，据险固守，这一带地区一直到一六八五年三藩事件结束之后，才归入清代的版图。清廷因为地势的险要，因而把它从番禺南海地界划出来，建置花县。
这些都表现了广东人民对清朝侵略者坚决不妥协的精神。《四朝成仁录》的著者屈大均，曾自豪地说：“王、陈、邓、萧四公，盖自永历元年至今，凡十余载，大小诸军，所在血战，所谓君子之师也。”在这样广大的地区上爆发的抗清斗争，是南明政权继续维持了十几年之久的主要原因。这里仅是作一个例子，至于其他各地人民英勇奋击的情况，借此也可以概见了。
明末的最后一支抗清力量是郑成功所领导的海上义师。这一支义师曾长期地以厦门和金门、台湾为根据地，几次出击福建和浙江的沿海一带，有力地支持了永历政权，直至永历帝被汉奸吴三桂杀害后，还坚持了二十年左右的时间。
郑芝龙投降清朝后，他的儿子郑成功对他父亲的卖国行为深为不满。成功本名森，字大木，少年聪明，英勇有为，十五岁时，就考取了同安的秀才。弘光帝即位，他随着叔父郑鸿逵同到南京，在国子监中读书，他看到明朝政治的腐败，和史可法的督师江上，誓扫清兵，激发了他的爱国思想。
隆武帝建都福建，他的父亲同他去朝见，隆武帝见他相貌英俊，仪表非凡，很喜爱他，赐他姓朱，改名成功，从此就得到了“国姓爷”的称号。成功受到隆武帝的奖励，更鼓舞了他尽忠报国的热忱。
郑芝龙早怀着二心，他叫成功接近隆武帝，是为了借此可以伺察隆武帝的动静的，可是成功平时既不满意他父亲跋扈的行为，同时对于隆武帝寄人篱下凄凉的状况，深表同情，但对自己的父亲又没有什么办法。他常与隆武帝谈到国家的前途，军事的利弊，说到激昂慷慨的地方，君臣甚至于抱头痛哭。
他曾经愤慨地说：“到不得已的时候，我只有以死报国。”不久清军攻陷福州，明军退守同安，芝龙为了个人的地位和财产，宁肯背叛祖国，而拒绝了他儿子成功、兄弟鸿逵和朋友周鹤芝的苦劝，终于身败名裂。由于芝龙投降清朝，引起了成功的义愤，郑成功率部进驻厦门，坚决不降。郑芝龙被清军强迫要劫到北京去后，而清军进入安平镇时，仍不免烧杀掳掠。他的母亲翁氏是个日本人，抗拒清军的威胁和侮辱，不屈身死。
成功见到这种凄惨的情况，怀着无比的愤怒，就和他父亲发生决裂，在给他的父亲的信上说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今父不听儿言，倘有不测，儿只有缟素而已。”这年郑成功才二十四岁，感觉到国忧家难集于一身，他便脱去了腐朽的儒冠，换上了崭新的戎服，同着他的战友陈辉、张进、施琅、陈霸等一行九十余人，坐了两条大船，走到南澳，招集义旅，准备组织抗清斗争。不到几天，就有九千多人。
福建的广大群众和郑芝龙的部将，都愤恨郑芝龙的叛国行为，因而都支持和拥护郑成功的旨在恢复明朝统治的斗争。于是郑成功就以南澳为基地，树立起抗清的旗帜。旗帜上面写着“明忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”，又有一面旗上写着：“背父救国”四个大字，表明了以身许国的决心。
义军初起的时候，称隆武二年，后来听到永历帝在肇庆即位，就改用永历的年号。成功是属于隆武系统的，但他并没有因为唐鲁不和而摈弃鲁王，仍然迎接穷蹙无归的鲁王，奉居在金门，与鲁王方面出色的将士的张名振、张煌言引为战友，密切配合，严重地打击清军。
郑成功在南澳起兵的时候，同情他这种行动的是他的叔父郑鸿逵。他于是与鸿逵一同地团结了郑芝龙部下的英勇将士甘辉、翁天佑等，在隆武三年由南澳出兵，连破福建、同安、海澄，漳浦，并攻克泉州闽南沿海一带地方；袭击动摇分子，他的堂兄郑彩、郑联等，进据金门、厦门，统一了内部的事权。
厦门在明朝原名中左所，成功改名为思明州，就把它建立为政治中心，发号施令的重要据点。接着围攻福建漳州达七个月之久，没有攻下，清兵因之进攻海澄，郑成功英勇应战，坚拒清兵，直至清兵的火炮用尽，但发空枪，郑成功使兵士们拿巨斧在城上砍杀无数将要登城的清兵，郑成功的军队从城中赶出来，清兵大败而逃，终于保全海澄，攻克漳州。
漳泉是福建的富庶地区，郑成功拥有许多船只，与日本、暹逻、安南、占城、吕宋诸国来往，做海外的贸易，又把进口的货物和南方的出产销行到内地，换回来“杉桅、桐油、铁器、硝磺、绫、粮米一切应用之物”，作为军储。他又派闽粤的商民潜到北京、苏杭、山东等处去经营商业，所谓“招集伙商，发本经营，一时遂有五大商会之号”。各地的商民，都集中到思明，“井里烟火，几如承平时景象”。思明州不但是政治中心而且是经济中心。
贪婪的清朝统治者看见思明的殷富，叫它做“金穴”，因之蓄意要夺取金、厦，而清廷的武力在郑成功据守时期，始终未能占领金、厦，海上义师常得与大陆上保持着联系。郑成功于是与内地的义师互相接应，率师北伐，攻克浙江的温州、台州，从海道直上崇明，进人长江，扰乱清军后方。又于一六四九年南下，攻破广东惠州与潮州。
结语
一六五○年广州再度失陷时，郑成功率师进援，因清兵偷袭金、厦，郑成功恐怕后方有失，不得已而退回原防。到一六五四年，郑成功又派林察、周瑞进攻广州。要与李定国西攻新会的军队会师，但因永历政权内部的纠纷而告失败。