万历国本之争中文官集团看似胜利却将明朝一步步带入深渊
而由于文官集团争国本的胜利，明朝的政治体系彻底失控，所谓“明亡于万历”的说法也是因此而来。
万历十年（1582年），明神宗的长子出生，赐名朱常洛。虽然这个儿子是在意外的情况下到来的，因为不承认此事，神宗也多少被生母李太后训斥。但是这毕竟是自己的儿子、长子，对于不到二十岁的神宗来说，他的出生，怎么也是一件值得庆贺的事情。
尤其是前代皇帝中因为没有儿子从而导致世序断绝、皇统转移的例子（明代宗、明武宗），使得神宗在一段时间内对这个长子很是重视，不说多么钟爱，最起码有血脉相连的感情和后继有人的欣慰。
自万历十年（1582年）至万历十四年（1586年），四年里，神宗只有朱常洛一个儿子（神宗次子万历十二年十二月生，出生当日即夭折）。对于口衔天宪的帝王来说，继嗣有人，才是最重要的事情。这个时期的朱常洛，绝对是万众瞩目的中心，得到包括神宗在内的皇室诸多人等关爱，日后被冷落厌烦的待遇，这时候绝对不存在。
万历十四年（1586年），深受神宗宠爱的妃子郑氏生下了神宗的第三子，赐名朱常洵。对于这个儿子，神宗爱屋及乌，异常喜欢，自诞育之日起，就爱不释手，关怀厚待比之长子朱常洛强过万倍。其母郑氏更被册封为皇贵妃，统摄六宫（神宗王皇后身体欠佳、低调谨慎，存在感很低）。
朱常洵
自皇三子出生后，神宗对于这个儿子的态度，以及对于长子的态度，有着鲜明对比，而且还有传言：神宗偕同郑贵妃，已经偷偷到大高玄殿盟誓，将御书誓册祷告上天，存在匣内，交给郑贵妃，约定立朱常洵为储君。
越过长子，立三子为储君，这是公然违背大明祖制“有嫡立嫡、无嫡立长”的原则，而接受了传统儒家封建礼制教育的文臣们，也势必坚决反对皇帝的这一举动，大明之后的诸多重大政治危机，皆因此而起。
因为储君为国家之副贰，社稷稳定之根本，所以发生在这一时期的大明储位争夺，就被叫做“国本之争”。
发觉皇帝有越次另立储君的意图后，以内阁首辅申时行、次辅王锡爵为首的文臣们，在维护礼制、敬天法祖的理由驱使下，意图规劝神宗，促其改变意志，遵循法度，以顺应儒家礼法、及大明祖制。
表面上，诸臣规劝皇帝遵循祖制，按照礼法册立储君，是维护社稷稳定、尊崇皇权的表现。实际上，自宣德以来，由于内阁制度的逐渐完善，使得文臣渐渐掌握了部分朝政权力，对于皇权的限制性也越来越强。他们的政治主张是以礼教规范至高无上的皇帝，按照礼法循规蹈矩地展开道统，而实际治理国家的法统解释权应该由文官们来执行。也即是皇帝不应随心所意地实施自己的意愿，皇帝的意志应当在制度之下适当地彰显。
而神宗抛开礼制，意图按照自己的好恶来决定皇储人选，无疑是违反了君臣都应共同遵守的制度。这是文臣们不能容忍的，必须使得皇帝取消这个念头，才能使大明朝堂恢复正常的秩序。
申时行
于是，万历十四年（1586年），首辅申时行上奏神宗，要求早日册立皇长子为皇太子，“早定国本”，自这一年起，“国本之争”正式拉开帷幕。
在接到首辅的奏本后，年轻的神宗不予置否，推脱说自己年纪尚轻，皇子也年幼，过几年再说。对于皇帝这明显属于敷衍的回答，文臣们十分不满，接二连三地上疏，督促皇帝遵从祖制，早定储位。
神宗对于诸臣的逼迫，在这之后总算是有了清醒认识，但是他自然不会轻易地屈从于臣子们，对于辅臣们当然要客气点，但是诸低阶文臣们，那没有客气可讲。于是神宗一面搪塞内阁辅臣们，一面将上疏的科道部员们统统贬官远窜，打发得远远的，以此来威慑诸臣，不要冒犯皇权。
但是文臣们绝不会轻易地罢休，为了维护“忠义道统”，以首辅申时行为首的文臣们，锲而不舍地穷究此事，于万历十八年（1590年），再次联名上疏，要求皇帝正视建储之事，早日册立皇长子为太子。
神宗面对辅臣们的纠缠烦不胜烦，脾气也上来了，于是拒不接见辅臣，并将奏疏留中。见皇帝耍起了无赖，各位内阁大学士一是气愤、二是担忧不能约束皇帝随性而行。
王锡爵
于是阁臣申时行、王锡爵、许国、王家屏四人统统上辞呈，请求皇帝免去自己的官职。有明一代设立内阁以来，这还是头一次有内阁辅臣们集体辞职，朝野震动。
神宗无奈之下，只得出面劝慰，并宣布或者是明年，或者等皇长子十五岁时，再行册立之事。好歹安抚了诸辅臣，不至于闹出全体大学士辞职回家的大笑话。
但是第二年，也就是万历十九年（1591年），有工部官员向皇帝奏请准备册立皇太子礼仪时的准备事宜，被神宗以不得奏扰的名义罚俸，群臣这才明白又被皇帝涮了。于是首辅申时行等人上疏，以神宗起先所承诺的话语来表示反对惩罚。神宗怒气迸发，拒不收回诏令。
申时行为了调和君臣矛盾，暗中奏疏，表明居中维护的意思。但此事却被捅出，以捍卫礼教祖制为己任的科道诸臣们于是讥笑弹劾首辅申时行阿谀讪君，毫无骨气，名誉扫地的申时行只得黯然下台，辞职后返乡，再不趟这浑水。
同时，拱倒了首辅的文官们再接再厉，数百人齐聚左顺门，跪地恳求（要挟更合适）皇帝早日册立太子。神宗因为疏忽，致使原本可以争取的首辅被迫辞职，自己恼怒异常，再得知文臣们继续逼迫，得寸进尺，再也忍不住心中的怒火，于是下令将上疏官员按照罪行大小处理，或罚俸、或罢官、或流放，跳的最高的则施以廷杖。礼部尚书洪乃春为首的几个言辞激烈的官员，则以“窥探宫闱、目无君上”的理由，拖到午门外廷杖六十。洪乃春因此抑郁忧愤而死。
朱翊钧
万历二十一年（1993年），在拖延了两年之后，文臣们再次就册立太子之事向皇帝奏请早日决断。而神宗对于臣子们的不断逼迫则产生了不可抑制的逆反心理，他感觉到自己作为皇帝而拥有的乾纲独断的能力在不断的被冒犯和削弱，所以就是不予批准。因此，皇帝和文臣们的交锋愈演愈烈。
万历二十一年（1593年）正月，为了反击文臣，神宗以手谕形式，给首辅王锡爵下达诏令，要求内阁安排流程，将皇长子、皇三子、皇五子（此时神宗第五子朱常浩已生）并封亲王，然后在其中选取贤者为储君，其实就是耍花招，把皇长子的天然优势拉到与其他皇子一样的水平，再图以后操作。
王锡爵得到诏令后，既怕按照皇帝的意思行事，会招致科道御史言官们群起而攻之，又怕和皇帝顶牛，致使龙颜震怒，首辅位置不保。两难之下，于是向神宗建议由神宗王皇后收养皇长子，然后以嫡子身份册立太子。神宗不予应允，还是坚持并封三王。
消息传出后，朝堂大哗，诸臣既是气愤皇帝出尔反尔，又是恼怒首辅居然不能坚持礼教原则，皇长子为太子的合法性被首辅这么一弄，岂不是明说还需补流程，不具有优先权。
于是王锡爵被群起攻之，弹劾奏本如雪片飞溅。无奈之下，王锡爵只得自己请辞，重蹈前任申时行的覆辙。神宗在全体文臣的反对和不配合下，也无法坚持己见，只得收回三王并封诏令。
朱翊钧
万历二十一年（1593年）闰十一月，在君臣激烈争论了六七年后，拗不过文臣的神宗，只得先答应了皇长子“明春先行出阁讲学礼”的要求，暂时中止储位之争。文臣们争取到了皇长子出阁读书，意味着稳固了其继位的合法性，取得了对抗皇帝的初步胜利。
万历二十二年（1594年）二月，十二岁的皇长子终于得以出阁读书，以长子身份举行了接受教育的仪式，基本上肯定了预备皇储的地位。但是神宗还是不甘心，在群臣们反复上疏要求立储的情况下，以“皇后正当盛年，朕待嫡子降临”的理由，就是不同意册立皇长子为太子（神宗王皇后身体羸弱，为人低调，在生了皇长女后，再也没有生育）。
万历二十四年（1596年），皇长子已经十四，到了大婚的年纪。礼部官员向神宗请求颁布皇长子大婚礼仪。因为礼部官员知道，皇长子身份特殊，又没有太子的名份，如以藩王之礼举行大婚，则有礼仪不符之嫌；如果以皇太子身份举行典礼，没有皇帝的首肯，僭越之心是跑不掉的。所以礼部官员不肯背锅，把决定权踢给皇帝，要他发表意见，也是逼皇帝摆明立场。
神宗对礼部官员的心思心知肚明，自然不能让他们得逞，以国家用度过多，又正在对外用兵的当口（此时正逢明军出兵李朝，讨伐侵朝的日本丰臣秀吉政权），经费不足，皇长子婚礼延后举办。堵住了朝臣们借此逼自己表态的口实。
万历二十六年（1598年），因迟迟不予就太子册立之事给出最终答复，文臣们再也忍不住，于是，齐聚文华门，上疏神宗，要求皇帝依照祖制，册立太子，早定国本。
文华门
“九卿、科道、都督府等衙门各具疏诣文华门，恭进候旨，必得命乃敢退。”
而与文臣们拉锯交锋了十几年的神宗，也终于明白了祖制、宗法的威力，自己随心所欲地更立储君，看来是办不到了。只得答应，册立皇长子为太子。
这其中，神宗的生母李太后，在册立皇长子的过程中，起到了决定性的作用。在皇帝和大臣们顶牛的过程中，作为太后的神宗生母李氏是站在文臣们一边的，她对孙子们没有什么偏爱，而皇长子是第一个孙子，按照礼制，立长子为储君是再自然不过的事。万历二十六年（1598年），某一次神宗到李太后宫中请安侍奉的时候，李太后问起了迟迟不能确立的太子册立之事。
面对母亲，神宗终于说了实话：“彼都人子也。”听见这话，李太后勃然大怒，大声说道：“尔亦都人子！”李太后当年就是神宗之父、还是裕王身份的朱载垕府中的一个普通宫女，被穆宗临幸，得以生下神宗。“太后亦由宫人进，故云。”
万历二十九年（1601年），在十五年的君臣反复对抗中，又有生母的干预下后，神宗终于向文臣们妥协，不再坚持己见，下达了册立皇长子朱常洛为皇太子的谕旨。
这一年冬天，虚龄已满二十的皇长子朱常洛终于成为皇太子。同时，皇三子朱常洵也被册封为福王，藩国洛阳。国本之争，终于以文臣们的胜利而初步落下帷幕。
国本之争，文官们最后取得胜利，标志者明末时期君权已经被严重削弱，文臣权力及影响力大大增强。“君弱臣强”已经是事实存在的现象。自此皇帝再也不能轻易按照自己的意愿来实现对内外诸事的大权独揽，皇权受到了臣子以祖制、礼法为依仗名义的限制。
对于神宗来说，他反感、痛恨文臣们对自己至高无上权力的挑战，而这种挑战最终却在宗法祖制的支持下，获得了实质上的胜利。这使得神宗对于治理国家感到厌倦、自信心受到打击、对自己的权力真实性感到灰心。
最后，神宗放弃了作为国家至尊应该尽到的义务，以“消极怠工”来对抗及报复冒犯他的文官政府，数十年不视朝，不御讲，不郊、不庙，不批章疏，不补缺官。大明的朝政运行陷入无序状态，混乱不堪。
但是，国本之争并未就此结束。万历四十三年（1615年）五月初四，“蓟州男子张差持梃入慈庆宫，击伤守门内侍，下狱。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言张差狱情，梃击之案自是起。己巳，严皇城门禁。癸酉，召见廷臣于慈宁宫。御史刘光复下狱。甲戌，张差伏诛。”“张差变起，人情汹汹，咸归指宫闱，巡视皇城。御史刘廷元疏云：‘按其迹，若涉疯魔；稽其貌，的是黠猾。’”这时张差似乎清醒了些，回答：“于本年三月内收到割柴草，堆货卖，被内差官李自强、李万仓，欺差硬买，不从，将前柴草尽行烧毁，致差气忿，要赴朝内声冤。遂于五月初四日，手拿枣木棍一根，从东华门进，一路无人阻挡，直至慈庆宫门首，要行闯进，遇守门内官李鉴吆喝拦住，差即向鉴一棍，打伤在地，竟跑入前殿檐下，被拿住等情。又该提牢主事王之宷题为鞫问狱情系于根本等事，内称十月十一日（按：十字，《纪事本未》作本字，盖即此五月事也。十字的系本字之误。且此案已于六月奏结矣）散饭狱中，见差年壮力强，非疯魔之人。问差何由执棍至宫，初招‘我迷了’，只说告状苦死撞进。”
刑部提牢主王之寀看出了蹊跷。有一天，王之寀为牢中犯人分发饭菜，觉得张差决不像疯癫之人。于是王之寀对张差说：“汝若不招，再加刑法。实招，与饭吃。不招，饿死。”张差低头不语，过了一会儿说道：“不敢说。”王之寀当即命牢中其他狱吏回避，只留两名狱卒在旁，亲自对他进行审问。
梃击案
“审得张差供年三十五岁，唤名张五儿，系蓟州井儿峪居住。”“张差招称有马三舅、李外父、不知姓名公公等语。”《先拨志始》记载：“据供：‘有马三舅、李外父，叫我跟不知姓名老公公，说“事成与几亩田地种，够你受用。”说罢，老公公骑马到不知街道大宅子，一老公公与我饭吃，说“不要饿了他，也休要多了”。又说“你先撞一遭去。撞着二个，打杀一个，打杀了，我有力量救得你”。老公公与我枣木棍，领我从后宰门进到宫门口。守门的手打一巴掌，被我一棍打倒。里边老公公们多了，就被拿住’等情。本部批覆：‘按所供口词，似疯魔而又非疯魔者。该司官会同原问，提牢官再行细审。’据供：‘马三舅的名马三道，李外父的名李守才，骑马老公公庞保，住蓟州黄花山修铁瓦殿，马三舅、李外父常往送炭。刘公，我说了刘成罢。庞保约刘成在玉皇殿商量，说“打上宫去，撞一个打杀一个，打杀了小爷，吃也有你的，穿也有你的。”又说“小爷洪福大了”等语。’”
后来他就被逮住了，再问那个太监是谁，张差就不说话了。万历帝一听，似乎还有隐情，命令员外郎陆梦龙再次提审张差，张差的供言，结果供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成指使。
陆梦龙马上派人调查取证，逮捕了马三道等人，经核实，张差说的基本无误。但是庞保、刘成二人，仅是两名太监，地位低下，单凭他们不可能有如此胆量。可他们均是郑贵妃的内侍，朝臣有人怀疑是郑贵妃背后指使，想要谋杀太子，以便扶立福王。王志、何士晋、张问达奏疏谴责外戚郑国泰“专擅”。一时间朝野哗然，纷纷猜测，消息传开后，郑贵妃则惶惶不可终日，赶来见万历帝，向皇上哭诉。
朱常洛
万历帝要她去向太子表明心迹，对郑贵妃说：“外廷语不易解，若须自求太子。”朱常洛看到父亲生气，又听出话中有音，只得将态度缓和，“贵妃向太子号诉。贵妃拜，太子亦拜。帝又于慈宁宫太后几筵前召见群臣，令太子降谕禁株连，于是张差狱乃定。”张差临死前曾说：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。”马三道等人被发配边疆；庞保、刘成两人暂时没有追究，不久刑部、都察院、大理寺三法司前后五次会审庞保、刘成两人，由于人证消失，庞、刘二犯有恃无恐，矢口否认涉案。六月一日，万历帝密令太监将庞保、刘成处死，全案遂无从查起。一场梃击案最后就这样不了了之。
梃击案到底是不是郑贵妃指示，还是太子自演自导的一出苦肉计，借此陷害郑贵恐怕无人知晓了。而此案成为晚明三大疑案之一。梃击案是明朝皇室内部争权夺利的斗争，说到底都是国本之争的继续。
在国本之争中，文官中因各自立场不同，也产生了各种利益集团，他们也结成朋党，各自抱团，争权夺利，明末政治愈发败坏和混乱，朝纲紊乱、政治角逐越演越烈，国家在无休止的内讧中耗尽元气，走向衰败。最终，在内部爆发的农民起义和外敌入侵下，国家最终灭亡。这一切，都起源于万历时期的国本之争。在这场争斗中，没有最后的胜利者。