黄宗羲的治史方法,也有其独到见解和特色,他认为,作为学者,必须博览群书、独立思考,如果读书不多,就无从证明事理的千变万化;如果读了很多书而不善于独立思考,那就是平庸浅陋之学,而作为史学专家,则不仅需要广泛搜集、阅读各种史料,熟悉历史事实,还必须认真作出考证,与各种史料弹驳参正,去伪存真,考信不诬,从而揭示历史的真相,他作《明史条例》,提出“国史取详年月,野史取当是非,家史备官爵世系”的治史原则,他以南明史为例,指出“桑海之交,纪事之书杂出,或传闻之误,或爱憎之口,多非事实,以余所见,唯《传信录》、《所知录》、《劫灰录》庶几与邓光荐之《填海录》可考信不诬”,他又在《谈孺木墓表》中表扬谈迁写《国榷》时“汰十五朝之《实录》,正其是非,访崇祯十七年之《邸报》,补其缺文”的坚毅精神,而批评“今之作者,矢口迁、固,而不屑于悦、宏……不能通知一代盛衰之始终,徒据残书数本,谀墓单辞,便思抑扬人物”的不严肃态度,可见,黄宗羲提倡的治史方法,是实事求是而且严谨客观的科学方法,他编选和撰着《明文海》、《明儒学案》等书,不但花费了十多年时间,搜辑披阅了数千家文集,而且作了大量考辨真伪、提要钩玄、褒贬评点的工作,他在写作《今水经》、《四明山志》等历史地理着作时,不但作了大量的文献考证,而且尽可能去作实地考察工作以澄清历史的真相。
总之,黄宗羲的史学理论和治史方法,在他那个时代,是达到了很高水平的,至今仍然值得我们借鉴和学习。