李斯被夷三族
反秦的起义日益增多，右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫规劝二世，请求停止建造阿房宫的劳役。
二世说：“享有天下的君主，就应该随心尽意穷奢极欲，君主权势重，法律就能严明，臣下就不敢图谋不轨。
“现在反贼四起，你们不能禁止，又想罢除先帝已做的事，不能报答先帝，又不为我尽忠效力，为什么还要占据这官位呢!”
于是把冯去疾、李斯、冯劫交给刑狱官吏处置。冯去疾、冯劫自杀，只有李斯进了监狱。
二世把他交付赵高惩治，审讯李斯同他的儿子李由谋反的罪状，拘捕他的所有宗族、宾客。赵高惩治李斯，笞击一千多次。
李斯所以不自杀，是因为他认为对秦国有功，而且实在没有反叛秦国的意图。李斯上书为自己辩说，希望二世醒悟，将他赦免。
于是，他便从监狱上书。李斯在信中，历数了自己在担任丞相后犯下的种种“罪行”，这罪行当然是加引号的，是陈述自己三十多年相秦的功绩。
书奏呈上以后，赵高命令官吏扔掉而不给二世看，说：“囚犯怎么能上书呢！”
李斯有时实话实说，拒不承认与儿子谋反。赵高又派他的门客十多人，伪装成御史、谒者、侍中，轮番审问李斯。李斯用实情回答，就一次次遭到严刑拷打。
李斯被打得皮开肉绽，不得不招。后来二世派人审问李斯时，李斯以为会像以前一样挨打，为了避免皮肉之苦，只好供认服罪，没敢更改口供。
二世高兴地说：“如果没有赵高，我差点被丞相出卖！”
二世派去查核李由的使者到时，李由已被楚兵杀死了。赵高就歪曲事实，把谋反的事强加在李由身上。
至此，李斯也就走到了人生的尽头。七十二岁的李斯被判死刑，并夷灭三族。
前208年七月，仅仅在沙丘政变的两年之后，李斯与他的次子连同他的父族，母族，妻族共老幼百十余人，一同被绑赴刑场处死。路上，他对次子说：
“我想同你一起再牵着黄狗，一同走出上蔡城东门去追逐狡兔，难道还可以做到吗！”于是父子相对而哭。
李斯被处以极刑：先是黥面，即在脸上刺字，是秦朝的一种侮辱刑；然后劓，即割鼻子；砍断左右趾，即砍掉左右脚；又腰斩，拦腰斩断；最后是醢，音海，即剁成肉酱。
这在当时是最为残忍的一种处死方式，叫做“具五刑”，即用五种刑罚处死。
李斯的一家无论长幼也同时被杀。刑场之上，鬼哭狼嚎，惨叫声声；血流滚滚，如溪似川；阴风朔朔，冤魂沉沉。李斯三族被诛杀。