朱棣攻进南京之后，并没有立即称帝，而是先做了这件事
燕军进城后，皇宫中就燃起了大火，建文帝朱允炆不知道下落，朱棣派人搜寻，最终，在灰烬中，找到几具烧焦了的尸体，全部面目全非，根本无法分辨，有人说，那是皇后和太子的尸体，建文帝下落不明。
当时，有两种说法，一种说法是，建文帝葬身火海，已经被烧死了，另一种说法是，建文帝从皇宫中的地道逃走，然后隐居当和尚了。
《明史 本纪第四》记载：乙丑，燕兵犯金川门，左都督徐增寿谋内应，伏诛。谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。或云帝由地道出亡。正统五年。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。
不管怎么说，这对朱棣来说，都是好消息，因为，皇帝没了，他就可以名正言顺地即位当皇帝了，朱棣发动靖难之役，目的不就是自己当皇帝吗？
然而，朱棣进入南京后，并没有急着当皇帝，眼看皇帝宝座就在眼前，换成一般人，早就急不可待地登基了，而朱棣为何迟迟不肯立即登基呢？
朱棣第一件事，不是登基，那他究竟做了什么呢？
朱棣做的第一件事，下令诸将守城和皇宫，同时，下令安抚城内的军民，紧接着，朱棣下令搜索建文帝手下的大臣齐泰、黄子澄、方孝孺等五十多人，并将他们列为奸臣。
《明史本纪第五》记载：乙丑，至金川门，谷王橞、李景隆等开门纳王，都城遂陷。是日，王分命诸将守城及皇城，还驻龙江，下令抚安军民。大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣。
在做了这件事之后，朱棣才在手下众人的劝进下，正式登基称帝。
朱棣之所以第一件没有称帝，他很聪明，他下令搜索建文帝手下的大臣齐泰、黄子澄、方孝孺等，将他们列为奸臣，就是要取得舆论的支持。因为，朱棣起兵的口号就是“清君侧”，如果此时，朱棣立即登基称帝，那就会让人觉得，他是专门奔着皇帝的宝座来的，会遭到天下人唾骂的。
朱棣搜寻齐泰、黄子澄、方孝孺等，将他们列为奸臣，正好符合了他的口号，就是清君侧，告知天下人，自己并不是造反。
等杀掉了所谓的“奸臣”，加上，建文帝没了，天下不能无主啊，于是，朱棣自然而然就可以称帝了。
这时，朱棣手下的那帮人很聪明，立即搞劝进。
《明史本纪第五》记载：丙寅，诸王群臣上表劝进。己巳，王谒孝陵。群臣备法驾，奉宝玺，迎呼万岁。王升辇，诣奉天殿即皇帝位。
也就是说，朱棣不想登基，是手下人请求他登基，这个就由不得朱棣了，朱棣是“被迫”当皇帝的。
就这样，朱棣在道德层面上，站住了脚，坐稳了皇帝宝座。从而，摘掉了反贼的帽子。