申时行作为万历的宰辅，为何张居正被清算，他能够寿终正寝呢？
张居正被清算后，张四维接任了内阁首辅的职务。此时，万历皇帝经受了张居正的“擅权”，对部下十分不信任，张四维接任后，为了向万历皇帝表忠心，当即弹劾张居正及其门生，导致六阁所剩能臣寥寥无几，很多官吏都因为受到牵连被贬黜，张居正新政也被废除。后来张四维因为丁忧回乡，就由申时行接任了内阁首辅的职务。
申时行也算是张居正的门生，正是在张居正的提拔下，申时行才进入明朝统治中枢，申时行既要巴结万历皇帝，还要实行自己的从政思想，他不愿意成为一个和稀泥的臣子，而是要造福天下黎民。
申时行
万历皇帝对张居正的恐惧，让朝堂上形成了“倒张派”，江东等人看到万历皇帝对张居正的态度，为了获取政治资本，他们立即火上浇油，不断上书弹劾张居正，张居正的门生故旧纷纷落难，而江东则被万历皇帝赏识，青云直上。申时行带领的内阁此时里外不是人，万历皇帝不信任，许多事情不敢动手实施，外部还有得宠的小人阻挠。
申时行就是在这种情况下，接手了内阁这个烫手山芋。申时行最终能够得到万历皇帝满意，还实现了自己从政的最初理想，拯救天下黎明，还是有他的灵活处事在里面的。第一点就是申时行对张居正的态度，万历皇帝清算了张居正后，甚至想要把张居正挫骨扬灰，而申时行劝谏了万历皇帝，他对万历皇帝说：“张居正十恶不赦，但是他已经接受了国法处置，国法没有更加严格的规定了。”申时行这些话既同张居正划清了界限，还规劝了万历皇帝，最终万历皇帝也没有对张居正更加严酷的处罚。
万历皇帝
第二点申时行对人才的重视，当时有人弹劾李成梁父子，而申时行看重李成梁的能力，上书万历皇帝为李成梁求情，后来李成梁在辽东地区镇守一方，缓解了后金带给明朝的巨大军事压力。
第三点善知民间疾苦，在万历时期曾爆发过大瘟疫，申时行上书万历皇帝，请求把御医派往各地，探查病情。为了救济灾民，申时行还上书请求开放粮仓，救济灾民，最终明王朝顺利度过了大瘟疫。
第四点对蒙古侵扰的处置方式，在万历18年时，蒙古骑兵入侵大明边关，当时朝中许多官吏都想要对蒙古开战，当时申时行知道国家经历大灾，国库并不充足。在申时行的力导下，明王朝对蒙古封贡，和平解决了争端。
第五点对受到张居正牵连的能臣的启用，在申时行主管明朝内阁时，申时行借着黄河泛滥，将治河专家潘季驯调回，潘季驯被重新启用，在潘季驯的带领下，治理黄河成绩显著，后来黄河在万历朝少有泛滥。其他受张居正牵连者，也多有还朝。
申时行安稳退休
申时行在一个尴尬的时代，他表面装成老好人，谁都不得罪。而他忍辱负重的目的，就是实现自己的抱负，还天下黎民一世的幸福。