他武不如尉迟敬德，文不如杜如晦，位列凌烟阁却撺掇太子谋反
侯君集年轻的时候不怎么靠谱，没什么本事，但却认为自己非常勇武，后来就进了秦王府，跟随李世民平定天下，战功颇多，但在当时的众多猛将中也不算很突出，不过，侯君集比较得李世民信任，能够参预谋议。让侯君集迅速脱颖而出的是玄武门之变，侯君集也在劝说李世民起事的功臣名单里。在团队谋划玄武门之变的过程中，侯君集提出了不少好的建议，成为玄武门之变五个最大功臣之一。李世民继位后，侯君集就成为左卫将军、潞国公，食实封1000户。
之后的侯君集，仕途顺遂，在630年成为兵部尚书，之后跟随李靖攻打土谷浑，在638年成为吏部尚书和光禄大夫，这时候的侯君集也开始读书学习，真正融入到官场中去，称得上是出将入相。但之后的攻灭高昌国把侯君集推上了风口浪尖。
639年，侯君集被任命为交河道行军大总管，讨伐不听话的高昌国，结果大军还在路上，高昌王就去世了，其子仓促继位迎接暴风雨的到来。可以说侯君集在最初所做的决定都是非常正确的，比如并没有在高昌国举行墓葬的时候偷袭，而是坚持光明正大的兴师问罪；当侯君集劝降不成的时候才下令攻城，后来逼得高昌王的投降。
但在高昌国灭亡后，侯君集却犯了错，他自恃功高，在没有请示李世民的情况下就私自把一些没有罪的人发配，而且，侯君集眼见高昌国财物众多，竟起了贪心，以至于部下也有样学样抢掠高昌国的金银财宝。
侯君集班师回朝后，有司请求治侯君集的罪，于是侯君集就被下狱，当时岑文本上书请求李世民释放侯君集，理由是侯君集有功于国家，不能轻易的让他受到屈辱，李世民也觉得没必要对他这么严厉，毕竟功大于过，于是就赦免了侯君集。但侯君集还是觉得自己受了委屈，心里总有不痛苦。
后来侯君集还撺掇张亮造反，张亮接着就告诉了李世民，只是当时李世民不愿意相信侯君集会造反，也没有证据，所以待侯君集一如从前。其实在张亮之前，李靖也在李世民面前表示过侯君集会造反。原先侯君集跟着李靖学习兵法，李靖并没有把自己的全部知识拿出来，侯君集很不高兴遂对李世民说李靖会谋反。李世民找到李靖，质问李靖为何要藏一手，李靖则表示教给侯君集的兵法完全能够压制四夷，而侯君集贪得无厌，正是有异志的表现，李世民也没放在心上。
到了643年，侯君集的画像就进了凌烟阁，但是李祐谋反案扯出了李承乾，原来李承乾也要谋反，证据确凿，李世民不能不信，而侯君集正是劝说李承乾谋反的人。
当时李承乾自己有足疾又害怕魏王李泰会取代他，于是心中很是不安，当他知道侯君集对李世民有怨言之后，就通过侯君集的女婿贺兰楚石让侯君集进东宫来商谈要事。李承乾问侯君集如何自安，侯君集就撺掇李承乾造反，并表示自己会效犬马之劳。然后，就制定了计划，只是计划还没有实行就让李世民知道了。
侯君集实际上在李承乾谋反案中并没有起多大的作用，李承乾想谋反也不是侯君集劝说的结果，相反的，是太子李承乾用财宝拉拢侯君集，希望侯君集加入到他的队伍中，而侯君集对李世民的怨气可以说是非常重了，就这么答应了李承乾，结果就断送了自己的性命。
事发后，李世民亲自审问侯君集，刚开始侯君集并不承认，他始终认为自己并没有错，实在是太委屈了所以才会如此，但后来李世民让侯君集的女婿贺兰楚石来对峙，侯君集就全部都说了。在当时来说，李世民并不想要侯君集的命，但是架不住群臣实在是不喜欢侯君集，不仅没有替他说情，反而认为侯君集犯的罪天理难容。
侯君集最终还是被处斩，将死之时，侯君集请求李世民给他留一个儿子祭祀，于是李世民将侯君集的妻子和其中一个儿子流放到了岭南，其他的全部杀死。