李自成进京后安葬朱由检夫妇，清世祖曾下令重修陵寝但不了了之
但没有葬地，如何安葬呢？有人想到，朱由检的礼妃田氏两年前去世，葬于十三陵，干脆把朱由检葬在那里。因此，朱由检和周皇后总算是有地葬了。监葬官下令把崇祯放在中间，周皇后放在左边，田妃放到右边，然后举行了祭拜。下葬后，在场人等看到朱由检太过凄惨，集体现场捐资五两银子，给朱由检的陵寝包了一圈砖。
当满清入关后。顺治元年（1644年）五月初六日，多尔衮为思宗崇祯帝在帝王庙设灵堂，允许在京群臣为先帝哭临三日，投降李自成的大臣熊文举、杨枝起等也陪位哭灵。他还任命李明睿为礼部侍郎，负责思宗的谥号祭葬事宜，李明睿遵命拟上先帝谥号为“端皇帝”，庙号为“怀宗”，并议改葬梓宫。
后因众人建议帝后已入田贵妃坟，不必改葬，便把田贵妃坟命名为思陵。明朝遗民对思陵将信将疑，有人以为是“疑冢”。谈迁于顺治十一年（1654年）八月特地前往踏勘，适逢守陵太监许氏，告诉他：“思陵本故田贵妃园，李贼委先帝后梓宫于昌平城外，于是吏民悲泣，葬于此”。
思陵
还告诉他，从顺治二年（1645年）开始，每年春秋祭祀，各陵祭田六顷，祠太监二人，陵户八人；顺治六年（1649年）祭田减为一顷，清明、霜降二节备羊猪合祭于红门外，正旦、元夕、七月半、冬至各素祭，荐酒一后，燃寸烛，献茶三瓯。许太监感慨地说：“崇祯家老奴不过如此！”
十分清楚，清朝当局是打着为明朝臣民雪君父之仇的旗号，入主中原的，他们为思宗举行哭临礼仪、议谥号，都是为此而采取的措施，带有明显的功利倾向。
当他们准备平定江南时，依旧打着这一旗号。多尔衮给史可法的信中说：“夫君父之仇不共戴天，《春秋》之义，有贼不讨则故君不得书葬，新君不得书即位”。这显然是以南明的不报君父之仇作为衬托，来突出自己，“入京之日，首崇怀宗帝后谥号，卜葬山陵，悉如典礼”，“报尔君父之仇，彰我朝廷之德”。
如果说此前清朝当局打出“为尔雪君父之仇”的旗号带有明显的政治目的，那么顺治十四年（1657年）清世祖下令修缮思陵，则完全是从表彰思宗的道德层面考虑的。清世祖给工部的谕旨说：“朕念明崇祯帝孜孜求治，身殉社稷，若不急为阐扬，恐千载之下，竟与失德亡国者同类并观。朕用是特制碑文一道，以昭悯恻。尔部即遵谕勒碑，立崇祯帝陵前，以垂不朽”。
朱由检
清世祖指示金之俊，要突出两点：一是“崇祯帝尚为孜孜求治之主只以任用非人，卒至寇乱，身殉社稷”；二是“若不亟为阐扬，恐千载之下竟与失德亡国者同类并观”。
为此而建的思陵碑亭是一个四边各长四丈四尺的方形建筑，正中立一龙首龟驮石碑，高一丈六尺，宽六尺，上面镌刻九个金色大字：大明庄烈愍皇帝之陵，背面是大学士金之俊奉刺建明思陵碑记。在享殿中供木神主三块，中间块写着：大明钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，左为周后神主，右为田妃神主。
顺治十六年（1659年）十一月十四日，清世祖前往明十三陵祭扫，十七日致祭思陵，失声而泣，连呼：“大哥大哥，我与若皆有君无臣。”清世祖的祭明崇祯帝文镌刻于碑亭后东门左，祭文写道：“维帝英姿莅政，志切安民。十有七年，励精靡懈。讵意寇乱国亡，身殉社稷。向使时际承平，足称令主。只以袭敝政之余，逢阳九之运。虽才具有为，而命移莫挽。朕恒思及，悯惜良深。今因巡幸畿辅，道经昌平，陵寝在焉，顾瞻增感，特以牲帛醴齐庶品之仪，用申祭亨，尚其歆格！”对思宗的推崇备至之情溢于言表。
顺治十七年（1660年）十月初四日，清世祖鉴于明十三陵中，各陵都宏大壮丽，独有思陵荒凉隘小，特下诏重修。只是不久他就与世长逝，修陵之事终于不了了之，因而思陵成为十三陵中最为简陋的一座，留给后人凭吊。