袁崇焕到底是不是被凌迟？他又为何会被崇祯处以如此残酷的刑罚？
再者，当时清朝早已一统天下，明朝早已成为历史，此时除了关于满族的历史，清朝可能需要修改，但其他的，清朝完全没必要去过多的更改，这就是吃力不讨好的事情。因此，对于大规模去篡改明史一事，清朝没必要这么做，也不可能这么做。
况且，关于袁崇焕被凌迟一事，除了《明史》有记载，其他的一些史书中亦有记载。如《明季北略》载：“时百姓怨恨，争啖其肉，皮骨已尽，心肺之间叫声不绝，半日而止”；《廿二史札记》载：“杨监奔还大内，告于帝；帝深信不疑，遂磔崇焕于市”；《罪惟录》载：“其时群论哗言，无知之良辈争啖其肉以食其恨”；《崇祯长编》载：“于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之”。
可以说，关于袁崇焕之死，无论是官方编撰的史书，还是民间编撰的史书，无一例外都说袁崇焕是被凌迟而死的。由此可知，袁崇焕的确如同《明史》所言，是被崇祯皇帝下令凌迟而死的，这确是不假。
因此，袁崇焕是以什么样的方法死亡的，这并没有什么好说的。
我们现在来说说，崇祯为何要以凌迟这样残酷的刑罚来处死自己曾经信赖无比的袁崇焕呢？
首先，袁崇焕失去了崇祯的信任。
众所周知，崇祯继位后大力铲除阉党，勤于政事，生活节俭，厉行节俭，平反冤狱，为大明天下曾六下罪己诏，是个年轻有为之君。但是，因年幼时那段不幸的经历，造就其性格是“性多疑而任察，好刚而尚气”，就是性格多疑，不信任何人，且容易被他人言语左右。
虽然，在崇祯在位之时，他曾感叹：“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事”，就是崇祯希望能得到非常之材，但却未能如愿，常常是所用非人。崇祯虽希望能得到有用之才，可真到用人时，他往往是“任察则苛刻寡恩，尚气则急遽失措”，在位十七年，所杀大臣是不计其数，包括总督7人，巡抚11人，内阁重臣更替更是频繁，先后用了五十人左右。试问就是这样猜忌的崇祯，他如何能得到非常之材呢？
最初，崇祯的确是很信任袁崇焕的，崇祯四月登基，七月就诏袁崇焕来朝，咨以方略。在讨论如何平定辽东之乱时，袁崇焕的平辽方略让崇祯是十分满意，为此，崇祯与袁崇焕说道：“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福”，大意就是只要袁崇焕能帮助他平定辽东，封侯拜相不在话下，其子孙更是能永享富贵。
可以说，在最初，因袁崇焕“计五年，全辽可复”的豪言壮语，所以他是很得负有雄心壮志的崇祯的信任。但是，如前文所说，崇祯虽是有为之君，但却也是一个多疑之君，一旦在这五年间，袁崇焕出现任何的差错，崇祯对他的信任就会荡然无存。
事实上，最后事情的发展，也的确如上所说。
崇祯二年十月，就是在袁崇焕先斩后奏斩杀毛文龙的三个月后，皇太极轻装简行率军突然绕开了袁崇焕苦心经营的关宁锦防线，取道内蒙，直逼京师，这就是历史上著名的“己巳之变”。己巳之变是明与清交战以来，清军第一次攻击北京，直接威胁到崇祯的安全，及明朝的国本，这个事件出现后，再加上他曾经在不经请奏就直接杀掉毛文龙的做法，其导致的最直接的后果就是崇祯对袁崇焕的看法发生了根本的改变，由曾经的宠信变成了不满。
其次，在已经让崇祯不满的情况下，袁崇焕在没有征得崇祯的前提下，擅自与后金议和的事情又被人揭发，他曾“遣使报之，崇焕欲议和，以书附使者还报”。此后，在“己巳之变”后，皇太极又放出风说，他绕过关宁锦防线，是与“袁巡抚有密约”，其兵困京城是为了迫使朝廷同意袁崇焕与后金的和谈。此外，皇太极为了让这个谎言能更加真实，他还故意让被俘“获明太监二人”偷听到袁与后金私下交易的信息，然后故意让他们逃走，以此让他们有机会“详奏明帝”。
如此，随着这些事情的发生，这更是让崇祯由不满直接变成了猜忌。
随后，在崇祯完全不信任袁崇焕的情况下，再随着朝中重臣和民间百姓都认为袁崇焕可杀的局势下，袁崇焕不可避免的就走向了死亡。当时，在该如何处置袁崇焕时，崇祯曾征询阁臣及文武诸臣的意见：“卿等已知之，今法司罪案云何？诸巨顿首惟命”，而当时多数重臣的回答都是：“其罪不宥”。同时，当时，不但是朝堂上支持杀袁崇焕，在民间亦也是支持杀袁崇焕，自己巳之变发生后，民间一直都有着“都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵”的传闻，因此，基于这个说法，时百姓都认为袁崇焕是咎由自取，而正是因为大多数百姓都秉持着这个想法，也才有了“于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之”的景象。
最后，在袁崇焕下狱后，部将祖大寿、何可纲率数万关宁兵哗变，崇祯诏谕祖大寿，让其安抚兵士，可“祖大寿拒不从命”。后，崇祯又让孙承宗去安抚哗变兵士，“孙承宗亦令游击石柱国驰抚诸军”，可袁军亦然是不听命令，且更是“持弓刀相向”。而就在这关头，皇帝圣旨都不能安抚哗变将士的时候，袁崇焕一纸手书居然就能让袁军停止哗变。想想看，对于崇祯来说，这是何等的屈辱，将士们只知有袁督师而不知有崇祯帝，袁督师的一纸手令竟比圣旨还能奏效，这让崇祯如何不愤怒，如何能放过袁崇焕？所谓“诸有利于封疆者，皆不利于此身者也”，自此袁崇焕的命运可想而知。
如此，正是基于崇祯对袁崇焕起了猜忌，认为袁崇焕在欺骗他，在愚弄他，再加上兵变这件事，而后满朝文武，及黎民百姓又都认为袁崇焕该杀的情况下，袁崇焕不可避免的就走向了毁灭。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被崇祯下令凌迟处死。