他是东晋大孝子，为给老爸煎药熏瞎了眼，皇帝召他做官却被逼自杀
他还是个大孝子，他老爸有病常年卧床不起，他便时时照顾，甚至钻研医学为老爸治病，流泪给老爸煎药，导致一只眼睛被熏瞎。晋孝武帝欣赏他的孝顺，将其征召来做官。孝武帝听说有个姓殷的人病重时听到床下蚂蚁走动就觉得是牛在打架，随口问殷仲堪听说没。谁知这个人正是殷仲堪病故的老爸。于是，殷仲堪当场眼泪流成小河，站起来难过地说：“我进退维谷，实在不知道该怎么回答。”孝武帝这才意识到真相，不好意思之余，也对殷仲堪的应对之道点了个赞。
死去的老爸遭人无意冒犯，殷仲堪难以接受；轮到他自己被人无意冒犯时，他却颇为宽容。他参加一次派对时，席间玩一种叫作“举出危险的事”的语言游戏。几个人都举出“百岁老头攀爬枯树枝”“把小孩放在井辘轳上”这样的例子，殷仲堪手下的一位参军却脱口而出说：“盲人骑瞎马，夜半临深池。”闻听此言，独眼龙殷仲堪一声长叹：“咄咄逼人！你哪壶不开提哪壶，太欺负俺们残疾人了。”不过，事情过了也就算了，殷仲堪事后也没给那参军小鞋穿。
荆州刺史死在任上后，很多人都觊觎他留下的职位，其中就包括王导的孙子、著名书法家王珣。王珣自觉机会很大，就偷偷找时任黄门侍郎（皇帝秘书）的殷仲堪打探内幕消息，谁知王珣一连列举了好几个热门人选，包括自己在内，都被殷仲堪否认了。王珣失落极了，也更好奇了，连他王珣都不是，那到底是谁呢？当天半夜，正在王珣辗转反侧难以入眠时，朝廷突然下令，任命殷仲堪为荆州刺史。王珣极为失望，对亲信发牢骚说：“一个小小的黄门侍郎哪能担负起这样的重任？提拔姓殷的就是国家将要灭亡的先兆啊！”
王珣的话虽然有吃不着葡萄说葡萄酸的嫌疑，却也代表了当时一些人的想法：荆州属于重镇，殷仲堪虽名望不错，但毕竟资历尚浅，未必能胜任荆州军政一把手。
事实果然如此。殷仲堪到任时，桓玄正在荆州闲居。荆州是桓氏父子的发迹地，嚣张跋扈的桓玄在荆州就是土霸王。殷仲堪对桓玄也很敬畏，凡事对其忍让三分，经常看其脸色行事。一次，桓玄去拜访殷仲堪。当时殷仲堪大白天在小老婆房间睡觉，门卫挺有眼色，拒绝通报。桓玄暴怒，拂袖而去。后来，桓玄故意向殷仲堪提起这事。结果，殷仲堪脸不变色心不跳地否认：“那门卫胡说，我根本就没有睡觉。”紧接着，他又耍赖说，“即便是睡觉了，《论语》不也说‘贤贤易色’，难道我就不能把爱色之心换成爱贤之心？”这圆滑的狡辩在某种程度上正说明了殷仲堪对桓玄的畏惧与妥协。
桓玄还曾经在公堂前纵马驰骋，并向殷仲堪挥舞长矛，模拟刺杀的姿势。殷仲堪心理素质超高，表现得泰然自若。一个手下指责桓玄：“你的骑术是不错，就是太不懂礼貌。”桓玄脸色铁青，一甩手走了。殷仲堪被吓得脸色蜡黄，埋怨那手下：“你疯了吗，居然敢跟他顶牛！要是他趁夜里派人杀掉你咋办？”他马上安排那手下去外地避难。当天夜里，桓玄果然派人来追杀。
身为荆州一哥，殷仲堪有意无意的纵容也让桓玄越来越有恃无恐。后来，桓玄造反，逼殷仲堪自杀。殷仲堪无奈，只得自行了断。