清朝为了吞并该国，花了两百多年时间，开疆拓土数百万公里
满清崛起于荒凉的黑山白水间，努尔哈赤以十三件铠甲起家，打下辽东诺大疆域，于大明分庭抗争，还屡屡占得上风；用和亲和兵威迫使满蒙臣服；后乘大明内乱，诱降吴三桂，进军关中，夺得大名天下，从历史角度来说，早期的满清的确很强。
顺治后康熙继位，但是当时满清江山远不是后来的满清那么稳固，藩镇格局宛若独立的小王朝，令满清统治者寝食难安；后吴三桂为首的三藩之乱，更是兵锋直指北京城，虽然后来被平复，但是西北崛起的一个侵略性极强准噶尔汗国成了真正的大患。
在明朝后期的时候，在西域地区，卫拉特蒙古的一支准噶尔部建立了一个国家，叫准噶尔汗国，明末清初，准噶尔首领最早是哈剌忽剌。
在1634年的时候，准噶尔汗巴图尔即位，对外扩张疆土，并于1640年制定了《卫拉特法典》，正式建立了准噶尔汗国。1670年，巴图尔珲台吉的儿子僧格被杀后，他的异母弟噶尔丹夺得了准噶尔的统治权。
1678年，噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国。1688年，噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。此时的准噶尔汗国疆域达到最大，其实准噶尔汗国是属于蒙古族人建立的王国，一直想要重新占领整个蒙古草原。
于是在1690年6月，噶尔丹向漠北喀尔喀蒙古进攻，此时的蒙古，已经被清朝视为自身领土，当然不会任由准噶尔汗国去肆意入侵，毕竟此时的清朝不是后世已经彻底腐败的清朝，统兵之将和可战之兵还是很彪悍的，当时的康熙皇帝正值年富力强、雄心勃勃时期，毫不犹豫就亲率军讨伐准噶尔汗国。
1690年，噶尔丹率军攻入喀尔喀，长驱东进，直取乌珠穆沁，然后拨转锋芒，在赤峰附近的乌兰布通南下，喀尔喀诸部首领都无法抵挡，于是联名向康熙皇帝求救，爱新觉罗·玄烨率领清军，与噶尔丹的准噶尔军在乌兰布通交战。
后来准噶尔汗国原首领僧格长子策妄阿拉布坦被清兵策反，率军进攻噶尔丹后方，控制了北到额尔齐斯河上游、东到乌布苏湖的整个地区，包括吐鲁番、库车等新疆的广大领土，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。
在1695年，噶尔丹再度进兵喀尔喀，这时的喀尔喀已被清占领，康熙再次亲征，噶尔丹抱定必胜的决心，但这时他的实力与上次相比已大为不如，而康熙却集结更多的人马欲将他彻底消灭，两军经过了极为惨烈的战争，噶尔丹的大妃阿奴也在战斗中战死。
最终，他的3万铁骑难以击败康熙的20万大军，大败，而这时，策妄阿拉布坦又夺取了他控制下的哈密，切断了他的回路，在逃亡一年后，即1697年3月13日，在阿尔泰的阿察阿穆塔台，噶尔丹服毒自杀。
翌年9月，策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹尸体，向清朝臣服。次年，策妄阿拉布坦正式登上了大汗的宝座。
但是策妄阿拉布坦和他的儿子噶尔丹策零也不是一个甘于雌伏之人，在这对父子统治时期，是准噶尔汗国的鼎盛阶段，管辖包括今新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亚南部以及中亚地区的哈萨克以及乌兹别克等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清朝军队，使哈萨克及乌兹别克等中亚王国成为向其领土的组成部分。
但是在噶尔丹策零死后，准噶尔汗国陷入长期的内乱，当时的清朝统治者已经到了乾隆皇帝时期，乾隆自认为是千古最英明雄武的皇帝，但是他也知道，要成为千古帝王，不仅要有文治（乾隆写的“诗”数量位列历史第一），还要有武功，此时这么好的机会，就算乾隆再怎么那啥，他的手下可没那么那啥。
于是清朝筹集大军于1755年春分南北两路进攻达瓦齐。达瓦齐军在清军和阿布赉军的东西夹击下，很快就溃逃瓦解，达瓦齐也被霍集斯伯克擒获送交清朝，后清朝又在1757年平定阿睦尔撒纳的叛乱，准噶尔汗国彻底灭亡。国土被清朝吞并，那时候可没什么让族人复国什么的传统，都是攻灭之后直接吞并。
但是但是那地方的少数民族吧，从不安分，一心想要叛乱，其中以大小和卓影响最大，于是在1759年8月的时候，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，清朝完全控制今日的新疆地区。
不过一直到清朝同治皇帝时期，新疆地区的少数民族依旧不安分，喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克，联络回族封建主金相印，混乱中夺取了喀什噶尔，并称王，逐马木提艾来木。
马木提艾来木致书中亚的浩罕汗国，欲借助外部势力驱逐司迪克。司迪克也派出金相印亲自到浩罕进行联系，想把流亡浩罕的黑山派和卓后裔请回喀什噶尔，对抗马木提艾来木。由此引来阿古柏，他于同治六年（1867年）建立“洪福汗国”盘踞新疆。
同治十一年（1872年）七月，清廷尚在争论讨伐阿古柏之事，左宗棠认为“既事关君国，兼涉中外，不能将就了局，且索性干去而已”，率师进驻兰州，准备收复新疆。
在公元1876年4月，左宗棠出兵，指挥的西征军有刘锦棠所部湘军25个营，张曜所部嵩武军14个营和徐占彪所部蜀军5个营，包括原在新疆各个据点的清军，共有马、步、炮军一百五十余营，兵力总数近八万人。但真正开往前线作战的只有五十余营，二万多人。
在1877年，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土。事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和慈禧太后嘉其功，诏封二等侯爵。
在1880年，左宗棠上书，力陈在新疆设省的主张，但因为沙俄阻扰未成功。终于在1882年，左宗棠再次向清朝政府奏请新疆建省，提出乘新疆收复伊始和西征大军未撤之威，不失时机地建省设县。左宗棠恳切陈词说服了清朝政府，同意着手在新疆建省。时任新疆巡抚的刘锦棠，制订了建省的具体方案。
在1884年的时候，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立。
为了彻底吞并准噶尔汗国，满清前前后后花了共两百年时间，从原来的自治区变成了省，成为中国真正不可分割的一部分，经过了数代帝王和能臣的努力，在辱骂满清懦弱无能的时候，想想满清对如今领土的奠定之功，西藏地区和蒙古地区也是在满清的时候，才彻底纳入中国真正实权统治的。