李自成当年没有成功，究竟是自己没有领导力，还是智囊团不行？
在思想上和形式上根本没有做好推翻明朝后的政权重建工作。李自成率军两路进攻北京，在攻城拔寨一路顺风的情况下，李自成仍然暗中派人与崇祯帝密谈，还想要求崇祯帝封自己做个西北王。据《小腆纪年附考》载，李自成向崇祯提出的条件为：“闯人马强众，议割西北一带分国王并犒赏军百万，退守河南……闯既受封，愿为朝廷内遏群寇，尤能以劲兵助剿辽藩。但不奉诏与觐耳。”因遭崇祯帝拒绝，谈判破裂。由此可见，李自成起义，根本没有一统天下做皇帝的打算，不能做到未雨绸缪，格局小，目光浅，只想做个割据王爷，过上自己有权有势不受控制的舒心日子罢了。没有稳固的根据地，特别在前期都是风过残云。
李自成在领军打仗，征战四方上很有谋略，但他却忽略了建立自己巩固根据地的重要性，往往是领兵攻克一个地方后，就转战另一个地方，而原攻克的地方则不注重经营建设，轻易放弃，过后依旧成了明朝政府的控制地。李自成率军先后转战甘肃、陕西、山西、湖北、河南、安徽等地，也提出了均田免赋的口号，赢得了广大贫民的拥护，但因其不注意在占领地营建自己的根据地，仅凭自己的军队奋力对抗，致使自己的军队一旦被官军打败，就成了无根之水，瞬间垮掉，很多本已占领攻取的地方，很快又成了抵御自己的防地。这种流寇式的转战，是以往各时期农民起义的弱点，往往因此而失败。虽然后来李自成在陕西建立了根据地，但经营时间短暂，在撤出北京，退往陕西后，不久就被清军和吴三桂的军队攻破，不得不又转战各地，最终在湖北通城县九宫山，被当地民兵杀害。
“输银助饷”虽从官僚富户中征集到不少军饷，但因其过分扩大化，让所有本已降服的官僚富户，再次走向起义军的对立面。李自成采取“输银助饷”的办法，按照官僚地主在明廷中官职的高低确定助饷的数额，虽然在一定程度上既打击了地主豪强，赈济了贫民，又确保了起义军的开支费用，却让明朝地主豪强们不堪忍受，纷纷叛离起义军。李自成进北京后，因为不能从贫民中征取钱粮，但又要保证每日巨额的军饷开支，就想出了“输银助饷”的办法，让大将刘宗敏、李过等人负责，制作了五千具夹棍，“木皆生棱，用钉相连，以夹人无不骨碎”。
开始让北京城人心惶惶，恐怖气氛凝重，“凡夹拷百官，大抵家资万金者，过逼二三万，数稍不满，再行严比，夹打炮烙，备极惨毒，不死不休。”用如此残酷办法助饷，致死者达1600余人。同时呢，没过几日，李自成手下兵士开始放纵，抢掠百姓，将士们也骄奢起来，“杀人无虚日，大抵兵丁掠抢民财者也。”为了确保山海关顺利接收防守，李自成本已与山海关总兵吴三桂谈判，吴三桂也同意投降，开始回京城交割。
不想走到半路，遇到了一自京城逃出的报信家人，得到了吴三桂老父在北京被农民军拷掠，逼迫交纳助饷银的惨情，吴三桂大怒；更让他恼怒的是，自己在京城心爱的小妾陈圆圆，竟被刘宗敏霸占。吴三桂毅然返回，宁愿投降满清，也要与李自成农民军为敌。正因为没有处理好与吴三桂的关系，让李自成农民军功亏一篑。一片石大败，让李自成农民军溃败一发不可收拾。闻听吴三桂复叛，面对骄奢淫逸之将，李自成只好亲自带兵十万前去征讨吴三桂。
在一片石，与吴三桂的军队相遇，进行了激战。吴军兵少，渐渐不支，危急时刻，吴三桂答应了正在观望的满清统帅多尔衮的各项要求，满清军队迅速加入战斗。战场形势急转直下，李自成的农民军大败，大将刘宗敏受伤，急令撤退。李自成逃到北京，仅剩三万人。在北京，李自成匆匆称帝，怒杀了吴三桂在京的一家三十四口，在清军和吴三桂军队的猛攻下，于次日由山西、河南两路撤退，逃往西安。临行前火烧紫禁城和北京的部分建筑，于七月份败归西安。
不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降大顺的原明朝将领又投靠了南明或清军，李自成因败退疑心日盛，在牛金星等人的鼓惑下，妄杀了李岩等人，致使农民军人心离散。在清军的一路紧追下，大顺军退入襄阳，逼走南明将领左良玉，占领武昌，计划夺取东南作为抗清基地。但在满清水陆两路军队的突袭下，又经两次大败，只好弃武昌，走西南。最终在湖北通城九宫山，李自成竟被当地民兵杀死。轰轰烈烈的明末农民大起义，就此失败了。那么为什么能推翻明朝的李自成农民军，在满清军队面前如此不堪一击呢？据说，李自成农民军三月份进北京时，北京一带鼠疫大爆发。
农民军进北京后就感染了鼠疫，军队战斗力大减。虽然农民军数量多于满清和吴三桂的军队，由于染上鼠疫，自然就很难胜过清军和吴三桂军的联合进攻。并且李自成败军也成了鼠疫传染源，据文献记载：“贼过处皆大疫。”虽然李自成拷掠的财富厚实，可以招兵买马，但新兵加入后不久就染疫，失去了战斗力，兵力再多也没用，始终难以抵挡满清的虎狼之师。正因为鼠疫漫延军营，长时间无法摆脱，李自成的精神受到了毁灭性的打击。那么清军为什么染不上鼠疫呢？据说鼠疫多经跳蚤传播，跳蚤讨厌马味，因此骑兵不易被感染。
满清八旗多为骑兵部队，虽有十几万之众，却未能感染鼠疫。以优胜的战斗力，与感染鼠疫的李自成农民军作战，清军占尽了优势，以致让农民军一败再败，最终覆灭。围绕在李自成周围的谋士文人，格局小，目光短浅。李自成使用的知识分子，大都是些下层失意文人。如牛金星，天启七年举人，做过塾师。因儿媳之死，与姻翁王士俊反目兴讼，被官绅合谋诬陷，关进大牢，被革去功名。宋献策连个秀才都不是，只是粗通文墨，“精于六壬奇门遁法及图谶诸数学”，经牛金星引入，向李自成献上“十八子主神器”的谶语。还有一位重要谋士李岩，史料无载，据说很有谋略，但后来被牛金星陷害致死，他也只是个举人出身。随着起义军的不断发展壮大，这些层次不高的下层知识分子，长期生活在乡野、江湖，不懂用兵打仗之道，也缺乏从政治国的经验，视野狭隘，不能准确把握全国形势及走向。他们给李自成的出谋划策，也就不免出现这样那样的失误与偏差，也为李自成日后走向失败灭亡埋下了祸根。
因此，李自成领导的明末农民起义军，历经十数年，不屈不挠，由低潮到高潮，最终推翻了明朝的统治，沉重打击了富豪地主官僚，让最下层的人民扬眉吐气，并建立了自己的大顺政权，说明李自成还是很有领导力和号召力的，但由于李自成眼界不高，围绕在他周围的智囊团目光短浅，以及其他一些主客观因素，致使已经夺取全国政权的李自成，功亏一篑，很快走向了失败，但李自成领导的明末农民大起义的经验教训，必将永载史册，成为后世之师。