郑成功之父投降清军, 一夜之间失去军队控制权, 只能安心做汉奸
隆武帝
1646年8月，清军突破了浙江、福建交界的仙霞关，清廷派使者黄熙胤招抚福建，黄是福建晋江人，与郑芝龙是同乡，有意降清的郑芝龙派出使者暗中与其接洽投降事宜。
没过多久，福建汀州、漳州相继投降清朝，福建几乎全部被清军占领，唯有安平尚在郑芝龙的控制之下，郑军军容整齐，战舰齐备，拥有者远东地区当时最为强大的水师，但是此时的郑芝龙虽然坐拥大军，但是已经全无抗清之志，一心想着投降清朝。
1646年10月形势图
但是由于之前派出的使者尚未与清军接洽到，所以一时间郑芝龙也不敢妄动。但是郑芝龙对于降清一事信心满满，因为他认为此前自己将仙霞关的守兵全部撤走，没有向清军发射一箭一炮，让清军得以顺利进入福建境内，这对于清军来说是一大功，而且两广也尚在隆武朝的控制之下，如果他能投降，清朝应授予他两广总督之职。
后来清廷又派与郑芝龙有深交的乡绅郭必昌前去劝降，郑芝龙对着好友说出了自己的心里话：“不是我不想忠于大清朝，只是担心自己之前立唐王为帝，大清会怪罪于我。”正在双方正在谈判之时，按捺不住的清军前线将领又对郑芝龙的基地安平步步紧逼，郑芝龙十分恼怒，对清军使者说：“既然想招降，为何还以大军相逼？”
郑芝龙
为了表示对郑芝龙的诚意，清军统帅下令撤军三十里，同时还命使者持书信前去告知郑芝龙，大意是：“清廷对于郑芝龙立唐王之事并不介怀，反而认为这是郑芝龙忠勇的表现。郑时为明臣，自当竭力奉主以尽人事，但是天命不可违，此时弃暗投明也不失为英雄豪杰。”而且在书信中还许给郑芝龙以“闽广总督”之职，这无疑是对郑芝龙最大的诱惑。
但是，郑芝龙的子弟——郑成功、郑鸿魁等人均劝郑芝龙不要轻信清廷的许诺，劝其不要轻易离开军队，否则很有可能被清军挟持。但是此时的郑芝龙已经被清军的许诺给深深的迷惑了，而且其自恃拥有大军在手，清军不敢轻举妄动。于是，郑芝龙仅带了数百侍卫来到福州，觐见清军在福建的最高统领博洛贝勒，二人初见相谈甚欢，晚上酒宴过后，贝勒邀郑芝龙留宿军中，而郑的随身亲军则被隔离在军营之外。
郑成功
半夜时分，清军突然放炮拔营，全军向北移动，郑芝龙也被裹挟而去，郑芝龙的亲军面对实力强大的清军也无可奈何，只能眼睁睁的看着清军带着郑芝龙向北而去。就这样，郑芝龙被清军带到了北京，面见了顺治皇帝，但是之前许诺的闽广总督却迟迟不能兑现，此后只能待在北京做了一只笼中鸟，最后还因招降郑成功不成被杀。
清军大营
眼见郑芝龙被掳入京，原本就无意与清军和谈的郑鸿魁、郑成功和郑彩率军队入海，在福建沿海一带坚持抗清，成了东南沿海牵制清军的主要力量。