公元1388年也速迭儿弑杀了北元的天元帝后称汗,废除了“大元”国号,也不再使用帝号、庙号、谥号,此时的北元可以说是灭亡了,在这之后蒙古与明朝的战争就不能称为复国战了。
元顺帝逃出大都后又在位两年,于1370年死于应昌,随后他的长子爱猷识理达腊继位,也就是元昭宗。元昭宗在位的十八年里一直想要中兴元朝,反攻中原,光复中国帝位,可惜的是他的努力没有成功,他死后由他的弟弟脱古思帖木儿(明朝史籍记载他是元昭宗的儿子)继位,也是北元的最后一任皇帝——天元帝,天元帝也是继承了元昭宗的复国梦想,为之付诸行动,但是明朝刚刚开国,军事实力强大,加上朱元璋和朱棣两位皇帝都是崇尚武力的,对于元朝残余势力十分上心,从东、西、南三个方向对北元实行包围压制,并设置泰宁、福余、朵颜三卫切断北元与女真和朝鲜的联系,又在青海西宁设置了罕东、安定、阿端、曲先四卫,招抚西藏,在西域设置赤斤蒙古、沙洲、哈密等卫切断北元与西藏的联系。可以说北元在这样的包围圈下,是不可能打赢复国战的。
洪武二十年朱元璋派蓝玉率大军进攻北元,次年听闻元昭宗在捕鱼儿海,明军就掩旗息鼓,连夜赶往,最终大败元军,元昭宗只带了太子天保奴等数十骑逃了出去,明军俘虏了他的次子地保奴和故太子必里秃妃以及公主等一百二十多人,加上官属三千人,军士七万人,马牛驼羊等牲畜十五万头,还有许多宝玺、图书、金银印等,此战明军大胜。这一战也称为捕鱼儿海之战,此战过后北元元气大伤,再也无法与明朝对抗,复国战争也再也打不响了。元军的失败让蒙古内部的部落对黄金家族彻底失去信心,很多部落纷纷独立,蒙古也不再有一个统一的政权,进入分裂内讧时期,“大元”不复存在。
1400年阿速特部的酋长阿鲁台和斡亦剌部的酋长马哈木击败了篡位的鬼力赤,这二人又对蒙古复国不感兴趣,想要从蒙古独立出去,所以他们选择向明朝俯首称臣,明朝也很支持他们,毕竟一个四分五裂的蒙古对于明朝是有好处的,斡亦剌部随后就扩张到了西蒙古,形成瓦剌,东蒙古则称为鞑靼。
崛起的瓦剌成功的压制住了忽必烈的后裔,但是接连的胜利也让他们想要恢复成吉思汗时期蒙古的辉煌,明朝也因此与瓦剌对峙多年,甚至明英宗朱祁镇都被瓦剌俘虏过。但是随着瓦剌首领也先死去,瓦剌开始走下披路,黄金家族后裔巴图孟克趁机统一了漠南蒙古,这也是蒙古最后的余晖,巴图孟克死后他的子孙们瓜分了部落,蒙古已经很难再成为一个有组织的统一的国家,根本无法与明朝争夺天下,最终被崛起的女真降服。