建州女真和海西女真向南迁徙后,更加接近汉族地区,吸收了汉族先进的生产技术和生产工具,使得本部经济加快发展,军事实力也不断壮大。这对明朝自然是一种威胁。因此,明朝政府除了加强东北地区的军事力量加以控制外,同时采用分而治之、互相牵制、互相削弱力量的办法:“分其枝”,“离其势,互令争长仇杀,以贻中国之安”。女真各部“各自雄长,不相归一”。当其中的一个部落强盛起来时,明王朝就采用军事袭击加以牵制和平衡。
建州三卫于明英宗正统时在苏子河一带定居下来以后,由于居地环境比较安定,三卫又都聚居在一起,加强了联系,势力逐渐壮大。这时李满住、凡察皆衰老,而董山正值壮年,他起而兼管三卫,成为当时建州女真的首领。于是明朝政府采取遏制措施,削减建州女真的朝贡人数,“旧时入贡人数以数百,天顺中裁之无过五十”,并大幅度减少入贡赏赐。这就引起建州三卫的不满,“皆忿怨思乱”。董山乘机侵犯辽东地区进行抢掠。
明宪宗成化三年(1467年)四月,明廷借朝贡为名诱骗董山到北京,在他返回途中拘留杀害。同年九月,明朝派李秉、赵辅统率五万军队进攻建州,俘斩建州一千一百五十七人,并“焚其巢寨房屋一空”。李满住等退到婆猪江畔,朝鲜受明朝的胁迫,派兵一万,自满浦攻入婆猪江,斩李满住等,建州三卫部落残破,遭到了一场浩劫。
明朝到世宗嘉靖时,政治腐朽,边防废弛。而建州三卫经过百多年的休养生息,隆庆时,建州右卫王杲在浑河上游,建州卫王兀堂在婆猪江,重又壮大起来。“(王)杲为人聪慧,有才辩,能解番汉语言字义,尤精通日者术,舞智而標悍,建州诸夷悉听杲调度。杲乃视杀汉官如艾草菅,弗为意。”此时,辽东形势十分危急,嘉靖隆庆之际,“十年之间,殷尚质、杨照、王治道三大将皆战死”。“辽人大恐”。
同时,海西四部的势力也日益强大起来。叶赫部在其首领逞加奴、仰加奴的领导下,在北关建东西两城,附近的一些部落都“望风归附,拓地益广,军声所至,四境益加畏服”。哈达部在海西四部中最为强大,在其首领王忠的领导下,“部众强盛,凡建州、海西、毛怜等一百八十二卫二十所五十六站皆畏其兵威”。王忠死后,由其侄王台袭职,海西各部“尽服从台”。隆庆四年(1570年)明朝政府擢名将李成梁镇守辽东。李成梁“乃大修戒备,甄拔将校”,“军声始振”。
辽东的危急情况趋于稳定,李成梁对女真各部又进行了大规模的压制。
万历二年(1574年)建州右卫王果因明绝贡市,“大会八家儿五千余骑”犯辽沈。李成梁分部诸军直捣王杲驻地,毁其寨落,斩首一千余级。第二年,王杲准备再次聚众犯辽沈,又被明军所败。于是王杲投奔海西哈达部王台。当时明朝正在利用王台控制女真各部,“(王)台素忠顺”,执缚王杲,“槛车致阙下檬于市”。王果死后,由其子阿台袭职。阿台一直想报父仇,时常袭击明军。万历十一年(1583年)阿台率部众深入浑河两岸,李成梁亲自率领军队直驱阿台驻地古勒寨,“寨陡峻,三面壁立,壕堑甚固”,久攻不下,后以计赚杀阿台,并“诱城内人出,不分男女老幼,尽屠之”。
建州右卫遭到了毁灭性的打击。明朝对海西女真同样采取镇压手段。万历十一年(1583年)十二月,总兵李成梁等设“市圈计”,诱骗叶赫部首领清佳努、杨吉努进入圈定的市场内,杀害了清佳努、杨吉努以下一千五百余人。叶赫部族蒙受了空前的灾难明朝政府利用哈达部王台,达到“北收二奴,南制建州”的目的。但明朝政府也不会放任王台势力坐大,所以在王台死后,由其子孟格布禄袭职时,万历十五年(1588年),明辽东巡抚顾养谦领兵突袭其驻地,“拔其二栅,斩首五百余级”,并革除了孟格布禄承袭的“龙虎将军衔”。
明朝政府采取“分其枝,离其势”的民族歧视政策,使得没有一个女真部落的力量能强大到统一各部,反而被割裂成为更多的部落,造成“各部蜂起,皆称王争长,互相残杀,甚且骨肉相残,强凌弱,众暴寡”的局面。这种分裂割据、互相厮杀的局面,破坏了社会生产,给女真各部和东北地区各族人民带来了深重的灾难。因此,女真族的广大人民希望有一个统一安定的局面。而明朝到万历十年(1582年)张居正病死,明神宗朱翊钧荒淫腐朽,一度出现的振兴局面迅即消失,明王朝从此一蹶不振。
万历十九年(1591年),镇辽二十二年的李成梁被罢职,明朝在辽东的军事力量大为削弱,史载:东北地区自李成梁解任后,“十年之间,更易八帅,边备益弛”。就在这样的情况下,建州部的努尔哈赤崛起,完成了统一女真各部的历史任务。