相较于《鹿鼎记》，历史上的建宁公主，因“三藩之乱”而家破人亡
在《鹿鼎记》中，建宁公主其实并不是严格意义上的公主，其母乃是神龙教为了得到《四十二章经》而安插在皇宫，假冒太后的卧底毛东珠（明末将领毛文龙之女），生父则不知是瘦头陀还是顺治帝，也就是说建宁公主极可能只是个空有公主名分的冒牌货。
而相较于《鹿鼎记》中的离奇身世，历史上的建宁公主身世并无疑点，根据《清皇室四谱》的记载，其生于清崇德六年十二月初七（1642年1月7日），乃是清太宗皇太极的第十四女，其母为皇太极庶妃蒙古察哈尔部奇垒氏，初为和硕公主（彼时并无正式封号，所有庶妃所生女子皆称和硕公主）。
也就是说，历史上的建宁公主并非顺治之女、康熙之妹，而是皇太极的女儿，顺治帝的妹妹，康熙帝的姑姑。
建宁公主虽然出身高贵，但在其出生的次年，其父皇太极便于崇德八年（1643年）八月初九病逝了，经过激烈博弈之后，其兄爱新觉罗·福临继承皇位，是为顺治帝。之后，随着清军入关，建宁公主便也跟着哥哥顺治帝迁入了京城。
顺治四年（1647年），为了彻底清剿西北农民军残部，清军入关后被调往关外、驻守锦州的吴三桂，再度被调入关内，与八旗将领李国翰同镇关中。为了消除朝廷对自己的戒心，吴三桂不仅在清剿反清势力上尽心尽力，更是将儿子吴应熊留在了京城充为人质。
顺治十年（1653年），吴三桂在平定西北农民军后，又率军攻打张献忠部，先后平定重庆、成都等两川重镇。鉴于吴三桂的表现，再加上当时南明政权尚未完全覆灭，为了对其进一步笼络，顺治帝将年仅十三岁的妹妹建宁公主于同年八月十九日下嫁吴三桂之子吴应熊，吴应熊得授三等子爵。
与《鹿鼎记》中不同的是，此时吴三桂虽然已经获封平西王，但清廷尚未平定云南，因此历史上的建宁公主并没有远嫁云南，其与吴应熊乃是在京城成婚，并长期在京城生活。历史上，吴应熊也没有被建宁公主变成太监，两人婚后先后育有三子两女。
顺治十四年（1657年），建宁公主晋封和硕长公主，受公主金册。与此同时，吴应熊也得以加少保兼太子太保。
顺治十六年（1659年），鉴于吴三桂长期以来表现出的忠心，在其率军攻下云南后，朝廷允许其开藩设府，总管当地军民事务。同年十二月，顺治帝又下令晋封公主为和硕建宁公主，建宁公主这个称号正是由此而来。
顺治十八年（1661年），吴三桂出兵缅甸，擒杀了永历帝朱由榔，南明政权至此彻底覆灭，正是凭借这个功劳，清廷才开始对吴三桂放心使用，不仅屡获升迁，且不再遭受掣肘。
不过，随着顺治帝去世，康熙帝即位，朝廷满汉之争再起，再加上南方战事平息，朝廷开始有意裁抑吴三桂的权势。因此，吴三桂虽然在康熙元年（1662年）十一月，因擒杀朱由榔之功，得以晋爵亲王，兼辖贵州，权势和声望一时达到顶点。
然而，到了康熙二年（1663年），朝廷便以云贵军事已经停息为由，收缴了他的平西王大将军印信，并将其用人之权和司法特权收归中央。吴三桂见状，则采取“构衅苗蛮，借事用兵”的方式，索饷扩军积聚力量，导致其与朝廷的矛盾日益尖锐。
虽然吴三桂与朝廷的矛盾日渐尖锐，但由于康熙亲政前后朝局不稳，因此仍需对其进行笼络，正是在此情况下，朝廷不仅在康熙七年（1668年）晋封吴应熊为少傅兼太子太傅，更是在康熙十年（1671年）准许吴应熊与建宁长公主前往云南为为吴三桂祝寿。
康熙十二年（1673年），借平南王尚可喜自请归老辽东的机会，朝廷正式下旨削藩，同年十一月吴三桂起兵反清，“三藩之乱”就此爆发。十二月，吴三桂起兵的消息传至京师，吴应熊随即被逮捕入狱。
康熙十三年（1674年）四月，康熙在纳兰明珠等王公大臣的建议下，为了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”，将额驸吴应熊及其子吴世霖处死，而建宁公主和两个幼子则被幽禁于建宁公主府。
建宁长公主与吴应熊虽是政治联姻，但从两人婚后先后育有三子两女的情况来看，两人婚后即便没有深厚的感情，相处应该也是相当融洽的。然而，如今丈夫和长子皆被处死，可想而知对她的打击。好在还有两个幼子陪在身边，可以让她聊以慰藉。
“三藩之乱”持续了长达八年，直到康熙二十年（1681年）十二月才彻底平定，然而就当建宁公主以为一切都已平定之时，康熙却又下令将建宁公主所生的吴三桂“二幼孙缢杀，诸庶孙斩首弃市”，两个孩子还是没能逃过这一劫。
建宁公主虽然没有受到牵连，但四十岁的她在遭遇家破人亡后，心中的悲苦和凄凉，恐怕是外人难以理解的。或许是出于愧疚之心，此后康熙帝曾多次下诏慰藉建宁公主，并多次称建宁公主一生“为叛寇所累”。
与《鹿鼎记》不同的是，历史上的建宁公主并没有嫁给韦小宝就此逍遥快活，而是孤独的在建宁公主府生活了二十余年，虽然生活无忧，但却孤苦无依，最终于康熙四十三年（1704年）十二月去世，终年六十三岁。