朱标一共有五子，除了朱允炆下落不明，朱棣如何处理其他四人
1402年，朱棣靖难成功，兵临南京城下，朱允炆出逃后下落不明，成为“明史第一谜案”，那么此后朱允炆的四个兄弟下场又是如何？
根据正史记载，朱标有两个妃子，即常遇春长女常氏与元朝参政吕本之女吕氏。其中，朱雄英与朱允熥是常氏所生，朱允炆、朱允熞、朱允熙是吕氏所生。
1378年，常氏生育朱允熥时死去，吕氏遂成东宫之主。更为重要的是，吕氏之子由此一跃成为嫡出，拥有了皇位继承权。因此，在太子朱标死后，一向强调“嫡长子继承制”礼法的朱元璋，才会立原先庶出的朱允炆为皇太孙。
1398年，朱允炆继位为帝，但因为急于削藩引发天下藩王不满，朱棣起兵靖难。朱元璋在位时，担心权臣篡位，于是立下一条规矩：藩王有举兵清君侧的权利！《皇明祖训》云“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣正是抓住这一条，指责齐泰、黄子澄为奸臣，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。因此，朱棣起兵口号是“清君侧，靖国难”。
朱允炆削藩严重侵害藩王利益，朱棣发动靖难之役时，天下藩王于是冷眼旁观。最终，朱棣凭借燕地一隅之地，成功推翻了建文朝，创造了一个前无古人、后无来者的奇迹：以一隅之地夺取一国。
朱棣称帝之后，朱允炆的兄弟之中，除了最小的朱允熙12岁，其他都已经成年，那么朱棣如何对待他们的呢？我们来一个一个的看，其中朱允熥是重点，放在最后说。
1，朱雄英是嫡长子，生于1374年，但他只活了九岁，于1382年夭折，朱元璋伤心的为之辍朝，追封虞王，谥号“怀”。
2，朱允熞是朱允炆同母二弟，生于1385年，1399年时被封衡王，未就藩。1402年朱棣称帝，降封其为怀恩王，居建昌，但这一年九月就将其召回京城，随即将他囚禁在凤阳高墙之内，大约1414年左右去世，享年30余岁。
3，朱允熙是朱允炆同母三弟，生于1391年，1399年时被封为徐王，1402年成祖入京后，被降为敷惠王，和母亲吕氏一起为懿文太子守陵。1404年被改封为瓯宁王，两年后，府邸火灾被烧死，时年16岁，谥号哀简。
4，朱允熥是嫡二子，生于1378年，生母常氏去世之后，吕氏执掌东宫，朱允熥降级为嫡三子，皇位继承上排在第三位。
由于朱允熥身份特殊，常遇春的外孙，与蓝玉又是亲戚，常氏未死之时，他的地位比吕氏、朱允炆都要高，是第二皇位继承人，但随着常氏去世，以及蓝玉案爆发等，朱允熥地位一落千丈，成了一个最悲剧孩子。在朱元璋、朱标眼里，仿佛没有朱允熥；在吕氏眼里，朱允熥是朱允炆主要对手；在朱棣眼里，朱允熥又是一个致命的潜在威胁。
1399年，朱允炆为帝第二年，立长子朱文奎为皇太子，并分封诸弟为亲王，其中分封朱允熥为吴王，封地杭州。众所周知，朱元璋曾经就是吴王，或许朱允炆借此表达对朱允熥的补偿吧。但朱允炆立志削藩，所以朱允熥未能就藩，只是待在京城，拥有一个吴王头衔罢了。
朱允熥身份特殊，与淮西勋贵多有亲戚关系，因此他也成了朱棣眼中钉。1402年，朱棣称帝之后，先被降级为广泽王，移居漳州，同年九月被召回京城，废为庶人，与四弟朱允熞一样被囚禁在凤阳高墙之内，1417年去世，享年39岁。
除了朱允炆的四个兄弟之外，还有一个特殊人物，即朱允炆之子朱文圭。
朱允炆育有二子，嫡长子为朱文奎，但1402年朱棣兵临南京城下时，朱文奎死于宫内大火，而时年2岁的朱文圭活了下来，但最终却生不如死！
靖难之役后，朱棣将他囚禁在凤阳，称“建庶人”。明英宗夺门之变复辟（1457年）后，对一直被幽禁的“建庶人”、“吴庶人”（或朱允熥之子）产生了同情，随后将他们释放，并为其修房盖屋娶妻生子。但朱文圭被囚禁50余年，已经完全脱离生活，甚至不辨牛马，不久之后去世。
至此，太子朱标一系团灭！或有后人，但对朱棣一系已毫无威胁。
参考资料：《明史》