毛文龙为了巩固自己的地位,“辇金京师”贿赂魏忠贤,“拜魏忠贤为父”。明朝官僚自然把毛文龙看成是魏的党羽。毛文龙驻镇皮岛,自恃有功,“渐骄恣,所上事多浮夸,索又过多,岁百二十万,朝议多疑而厌之”。后金不断派人对他诱降,“时朝议忧皮岛文龙难驭”。
袁崇焕被召入京,大学士钱龙锡和他商讨辽东形势时,就准备要杀毛文龙。他对钱龙锡说:“可用,用之;不可用,杀之。”袁崇焕自到辽东任事以后,毛文龙很傲慢,不愿受文臣节制。
崇祯二年(天聪三年,1609年)六月初,袁崇焕以阅兵为名,来到皮岛。五日,诱毛文龙到山上观将士射,预先埋伏甲士将之执缚,文龙倔强抗辩,袁崇焕历数他的十二大罪,使之“丧魂魄”,无言以对,遂以尚方剑斩之。把原属毛文龙的士卒二万八千人分四协,由文龙子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别管领俱受陈继盛节制。
处理完毛文龙的事情后,袁崇焕便返回宁远,向朝廷上报诛杀毛文龙的经过,并说:“文龙大将,非臣得擅诛,谨席稟待罪。”崇祯骤然听到这个消息,感到非常惊讶;转念一想,觉得毛文龙既已杀,现在正需依赖崇焕,不仅不加责备,还予以赞扬,接着又宣告文龙罪,“以安崇焕心”。但崇祯内心深处却对袁崇焕有了疑忌。
袁崇焕诛杀毛文龙,这是亲者痛、仇者快的事情。它在客观上为后金除去了后顾之忧。毛文龙虽然有错误,但他一直坚持抵抗后金的立场,有他的功绩。毛文龙被杀后,皮岛军心涣散,有的将领如孔有德、尚可喜等便投向后金。